本发明涉及一种HEK293细胞裂解液的纯化方法。该HEK293细胞裂解液的纯化方法，由于细胞裂解液中存在大量的细胞碎片、宿主细胞蛋白(HCP)以及宿主细胞DNA等杂质，先经过碟式离心机离心去除大部分细胞碎片后再进行深层过滤，能够极大地减轻深层过滤的压力，避免深层过滤时的滤膜堵塞，大大提高深层过滤的效率，易于扩大生产，并能制备得到浊度较低的澄清液，所得澄清液中的宿主细胞DNA含量和HCP含量都得到了大幅度降低，极大减轻了后续蛋白进一步纯化工艺的压力，降低了生产成本。