本发明提供了一种直喷氢内燃机曲轴箱系统及具有其的车辆及控制方法，包括：曲轴箱；连通部，连通部与曲轴箱连通设置，连通部内设置有电子冷凝器；风机部，风机部的进口端与连通部的出口端连通设置，风机部的出口端通过补气管路与曲轴箱连通地设置；控制器，控制器与风机部电性连接，控制器用于控制风机部向曲轴箱内进行补气，以使曲轴箱内的压力位于预设区间。本申请采取风机部对曲轴箱系统进行换气。并且，以曲轴箱压力为目标进行闭环控制，消除曲轴箱污染物，提高曲轴箱的可靠性。