本发明涉及一种基于植保无人机的纳米农药施药方法及系统，属于植保无人机施药技术领域，包括：对实时的纳米农药沉积偏移数据信息进行一次评价，得到一次评价信息，并根据所述一次评价信息进行调整所述一次航线信息，得到二次航线信息；根据当前地理位置的空间分布数据信息进行二次评价，得到二次评价信息，并根据所述二次评价信息以及二次航线信息进行调整，生成调整信息，并将所述调整信息传输至植保无人机远程控制终端。本发明通过对植保无人机的施药过程进行自动监测，能够避免植保人机在施药过程中污染地下井、水源等场景类型；另一方面本发明实现根据实际的场景类型来调整施药过程中的施药航线，为植保无人机作业工况进行改进以及优化。