本发明涉及一种适用于高超声速飞行环境下的数据自毁方法，步骤包括：存储器在飞行过程中实时存储飞行数据，将数据依次存储在Flash芯片的多个存储单元中；当存储器收到外部传输的两路冗余自毁信号时，当存储器判别至少一路自毁信号有效，存储器开始执行数据自毁；单个Flash芯片包括两个独立的CE信号，为CE1信号和CE2信号，CE1信号和CE2信号各对应两个逻辑单元LUN1和LUN2，每个逻辑单元包括多个存储单元；物理擦除时，同时对CE1信号和CE2信号各自的逻辑单元LUN1进行并行擦除。本发明采用两路冗余接收的方式，提高了自毁指令接收的可靠性。