本发明提供一种中频辅助变流器DCDC控制系统，涉及轨道车辆牵引技术领域。包括FPGA底层处理模块、ARM顶层逻辑模块和DSP控制算法模块；所述FPGA底层处理模块、所述ARM顶层逻辑模块和所述DSP控制算法模块两两之间进行通信连接；其中：所述FPGA底层处理模块用于调用模型库搭建底层处理模型；所述DSP控制算法模块用于调用模型库搭建控制算法模型；所述ARM顶层逻辑模块用于调用模型库搭建顶层逻辑模型。本发明实施例提供的中频辅助变流器DCDC控制系统，有效实现了资源分配，降低了各系统复杂度和耦合度，避免了通信阻塞等风险。