本发明公开了用激光跟踪仪测量舱壁阻隔柴发机组轴对中的方法及装置，该方法及装置运用高精度激光跟踪仪，通过数据采集处理软件控制，通过在舱壁开设工艺孔以克服舱壁阻隔障碍，分别采集柴油机和发电机主轴上的各测量点数据，然后通过软件对数据进行处理分析，得出两个主轴的轴心坐标偏差、轴心线夹角及两主轴法兰圆面间距等轴对中结果数据。本发明充分挖掘激光跟踪仪自身功能，并发挥其在大型船舶柴发机组轴对中测量的应用，破解了有舱壁阻隔柴发机组轴对中测量的难题，能够替代传统百分表或数字化激光对中仪在复杂测量环境下轴对中测量的不足之处，大大提升了大型船舶柴发机组轴对中的精度、效率及可视性，具有较高实用价值。