本发明公开了一种副干酪乳杆菌在制备发酵枸杞中的应用，属于微生物技术领域。副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracei)E10菌具有抗氧化能力及对胆盐耐受能力。本发明提供的副干酪乳杆菌E10菌对枸杞原浆进行发酵，再向发酵枸杞浆中添加入氨基酸和膳食纤维，最后进行灭菌灌装得到发酵枸杞复合饮。副干酪乳杆菌E10菌发酵枸杞原浆不仅改善枸杞风味，还增加枸杞的抗氧化活性及酶抑制活性。添加的氨基酸和膳食纤维为人体提供营养成分，进而达到一个功能和营养共兼得的发酵枸杞复合饮。