本发明属于水下隧道设计施工技术领域，特别涉及一种水下非爆破暗挖隧道最小安全覆岩厚度的计算方法，解决了采用现有方法确定的水下隧道最小安全覆岩厚度过于保守，经济性差，有的无法实施的问题。该方法包括以下步骤：步骤一：确定单位长度隧道覆岩顶面荷载与单位长度岩土层岩体抗力间应满足的关系式；步骤二：确定潜在破裂面；步骤三：计算潜在破裂面处单位长度隧道覆岩顶面荷载和单位长度岩土层岩体抗力；步骤四：将步骤三的结果代入步骤一的关系式得到具体关系式；步骤五：建立隧道最小安全覆岩厚度求解方程；步骤六：将步骤四的具体关系式与步骤五的求解方程联立求解最下层岩层厚度；步骤七：将最下层岩层厚度代入步骤五的求解方程求解。