本发明涉及一种异形嵌套基坑组合支护结构系统的施工方法，包括：平整目标场地，在施工枢纽周围地下连续墙和枢纽内部车站地下连续墙之后，施工枢纽周围地下连续墙的墙顶冠梁；基坑统一土方开挖至一级砼腰梁位置，进行基坑场地内立柱兼抗拔桩的施作；进行砼腰梁和双环撑结构的施作；分区、分层开挖异形嵌套基坑至一级基坑底标高；随枢纽内车站基坑土方开挖，地连墙墙顶虚墙部分混凝土破除至冠梁底面高程位置后，施作车站基坑的砼冠梁；土方开挖至钢腰梁设计标高后，进行车站基坑的钢腰梁和双拼钢支撑架设；分层进行土方开挖至异形嵌套基坑的坑底。本发明缓解了现有技术中存在的传统的基坑支护结构体系不能适用异形嵌套形式的基坑支护的技术问题。