本发明公开了丙酮酸脱羧酶基因FvPDC6及其在提高威尼斯镰刀菌菌丝蛋白产量中的应用，属于威尼斯镰刀菌基因工程技术领域，丙酮酸脱羧酶基因FvPDC6的缺失在威尼斯镰刀菌中提供促进菌丝蛋白产量提高的功能，为如下a）、b）或c）的碱基序列：a）如SEQ ID NO:6所示；b）编码如SEQ ID NO:12所示的氨基酸序列的核苷酸序列；c）在严谨杂交条件下与a）限定的核苷酸序列杂交且编码具有控制乙醇合成的核苷酸序列。本发明通过敲除威尼斯镰刀菌能够显著提高碳源向菌丝蛋白合成的流向，有效提高葡萄糖的利用率，降低菌丝蛋白发酵的生产成本。