本发明提供一种红外焦平面探测器的量子效率测试方法及系统，包括红外焦平面探测器以及与红外焦平面探测器对准且相隔一预设距离设置的面源黑体，使得黑体辐射均匀照射在红外焦平面探测器像元上，面源黑体工作在一预设温度下；并包括以下步骤：步骤S1，获取红外焦平面探测器的像元在不同积分时间下的像元电压数据；步骤S2，对红外焦平面探测器的像元电压数据随积分时间进行线性拟合，确定拟合直线的斜率；步骤S3，获取红外焦平面探测器的光学F数、红外焦平面探测器上读出电路的积分电容、像元面积以及普朗克光子发射率，并结合确定的拟合直线的斜率计算得到量子效率。有益效果：本发明测试方法简便可行，数据采集方便、数据处理简单。