本发明公开了一种低温淡水温度控制系统及其控制方法，所述系统包括多用户、冷却器、三通温控阀和船舶集成自动化系统，船舶集成自动化系统与三通温控阀电连接，三通温控阀的c阀口通过第一管路与多用户的进水口相连，多用户的出水口通过第二管路与冷却器的进水口相连，第二管路上分叉出连接至三通温控阀的b阀口的第三管路，冷却器的出水口通过第四管路与三通温控阀的a阀口相连，第一管路上安装温度传感器。本发明利用船舶集成自动化系统自动控制冷却水温度，不再依赖传统独立的低温水温控阀系统来维持低温水的温度，提高了船舶自动化程度，节约了船舶成本，便于系统调试。