本发明涉及生物信息学技术领域，特别是涉及基于胚系突变检测高通量测序中样本污染的方法和系统。本发明提供的方法具体如下优点：利用基因型一致性和频率相关性共同判断肿瘤和对照样本是否配对，未配对的样本的检测结果不可信；根据纯合突变和杂合突变对最终突变频率影响的差异来确定污染的比例，且可以对污染源进行溯源；仅需肿瘤和对照样本的Vcf文件即可进行后续分析，使用简单，提高了运行效率，节省运行资源；不需要大量数据集来得到训练模型，只需利用panel本身的覆盖范围，并且不需要大量样本来做训练，即可得出准确结果。