本发明公开了一种建立发动机模块化零件装配关系的系统，包括发动机模块库单元，用于存储配套发动机的零件模块；数据处理单元，用于建立各零件模块之间的装配关系，将零件模块关联到选配BOM结构树；所述装配关系为将可以共同配套在同一台发动机的零件模块标记为关联关系；将不可以共同配套在同一台发动机的零件模块标记为互斥关系；人机交互单元，用于进入用户指定的目标产品细分市场，并在该目标产品细分市场显示界面选定发动机代号，该目标产品细分市场下的发动机代号在选配BOM结构树有对应的默认勾选项；然后在选配BOM结构树勾选可选零件配置模块。本发明具有便于用户选配、及时观看到发动机装配外形，提高用户选配零件的效率等优点。