本发明涉及荧光检测技术领域，公开了荧光检测器件及制备方法、荧光检测系统和荧光检测方法，荧光检测器件包括基底层、阵列孔膜层和透镜结构层，基底层上开设有多个凹槽，阵列孔膜层上设置有多个纳米孔，纳米孔的直径小于激发光的波长，以使来自基底层一侧的激发光限于纳米孔内靠近基底层一端的底部激发区内；激发区内适于设置捕获单元以将待测荧光样品固定于激发区内；透镜结构层为设置在基底层和阵列孔膜层之间的富碳非晶硅，包括多个透镜体，透镜体设置于凹槽内且与纳米孔一一对应，适于会聚来自纳米孔内待测荧光样品发出的荧光发射光。保证成像面上并行检测通量，同时增强了荧光信号的强度，保证单分子荧光大规模并行检测的准确性。