本发明公开了具有增强光动力活性的苝醌化合物cercosporin A及其应用，属于基因工程和微生物发酵技术领域。此方法以野生型尾孢菌Cercospora sp.JNU001为表达宿主，通过敲除CTB6基因实现了一种新型苝醌化合物cercosporin A的生产，并进一步通过插入外源的elcE和elcG基因将其产量提高至4.34mg/L。和已报道的苝醌化合物相比，cercosporin A具有良好的光稳定性和极低的暗毒性，并对酵母等微生物也具有较好的光动力抑制作用，在光动力治疗等领域具有广阔的应用前景。