本发明涉及微生物发酵技术领域，特别涉及一种红曲米的制备方法及其应用。本发明提出一种红曲米的制备方法，包括以下步骤：S10、将红色红曲菌M7活化培养后，分离红色红曲菌M7的孢子，得孢子液；S20、将孢子液破壁、稀释，得孢子悬浮液；S30、将孢子悬浮液振荡培养，得种子液；S40、将种子液接种于米饭固体培养基，发酵后，得红曲米；其中，所述米饭固体培养基包括灭菌米饭及亚硒酸钠。本发明提供的技术方案中，红曲菌吸收亚硒酸钠并合成多种有机硒，从而提高红曲米中有机硒的含量，且富含亚硒酸钠的环境能够抑制红曲菌合成桔霉素，促进红曲菌合成红曲色素，并降低红曲米中桔霉素的含量，减少红曲米的毒性，扩大红曲米的应用范围。