本发明属于生物信息学和软件工程领域，公开了一种线粒体DNA数据规范化方法及集成应用平台，该方法从线粒体基因组公共数据库中获取不同类型物种的线粒体基因组文件；嵌套遍历线粒体基因组文件，获取线粒体基因组文件中各个物种的注释信息和基因序列，线粒体基因组文件中包含多个物种的基因信息，每条基因信息中又包含多条注释信息；分析每一个序列坐标对应的基因类型，根据基因类型指定替换方案；比较每个基因的相邻基因和序列坐标；进行反向互补和切片调零，对参考序列版本和原始客户提交的注释版本进行比较，并列举差异；进行注释核验，输出规范化的基因顺序及基因顺序图。本发明可根据用户提供的生物基因文件进行数据规范化。