本发明提供了一种基于蛋白组学的适用于降解麦糟蛋白的蛋白酶的快速筛选方法，属于啤酒副产物深加工技术领域。本发明提供了一种基于蛋白组学的适用于降解麦糟蛋白的蛋白酶的快速筛选方法，解决了传统筛选酶效率低的问题。传统方法需要通过实际效果进行酶的筛选评价，结果滞后。当面对大量待选酶筛选时，效率很低。而本发明利用组学高通量检测的优势，结合信息学分析方法，通过分析麦糟蛋白和水解酶的蛋白组分和氨基酸序列差异，可提前预判蛋白酶的作用效果，快速筛选高效的适用于麦糟蛋白的降解酶。