本发明涉及船舶运输配载技术领域，具体为一种船舶智能配载方法及系统，方法包括如下步骤：利用大宗干散货码头的智能管理技术获得船舶配载信息；依据船舶货物信息和所述船舶配载信息确定船舶配载计划；基于所述船舶配载信息和所述船舶配载计划分析配载中的船舶排水情况；根据所述船舶配载信息建立船舶坐标系，结合所述船舶坐标系、所述船舶配载信息和所述船舶配载计划分析船舶的配载航行情况；依据所述配载航行情况对所述船舶配载计划进行调整，以获得最优船舶配置计划。本发明综合考虑大宗干散货码头的实际状况，对配载计划进行设计和调整，可以降低航行事故风险，实现资源优化配置，提升整体运营效率，有助于航运业的稳健持续发展。