本发明公开了骨功能性饮品的制备方法及其发酵菌种应用。具体地公开了一种复合发酵菌剂（包括凝结魏茨曼氏菌L‑RY和格氏乳杆菌L‑SS）及其在制备骨功能性饮品中的应用。本发明开发了基于所述复合发酵菌剂的骨功能性饮品的制备方法，并对不同来源骨功能性饮品的功效进行分析。实验结果表明，该方法可以提高钙离子的转化率，钙转化率最高可达67％，提高发酵产品中的活菌数、抗炎因子表达量，氨基酸含量、蛋白质含量、感官品质，以及提高DPPH自由基清除率、抑制骨肉瘤细胞增殖能力和抗炎活性。本发明使用复合菌剂发酵生产骨功能性饮品，提高了骨功能性饮品的营养品质，进一步提高了骨的价值和利用率，可实现骨资源的高附加值转化。