本发明公开了一种高原高寒富水长大反坡隧道清污分流施工方法；包括：在斜井掘进期间，掌子面设置移动集水仓，随掌子面移动；在隧道两侧分别设置清水沟、污水沟收集洞内清水、污水；在斜井或正洞一侧设置多级水仓和泵站，通过泵站抽排的方式，逐级将洞内清水、污水分别抽排至洞外；各级相邻水仓按100m间距布置，各级水仓均由并列设置的污水仓和清水仓构成；待斜井开挖转入正洞开挖后，斜井改换为一次性抽排方案，在正洞交叉口处布置一台大功率泵站，将正洞内汇集清水、污水直接抽排至洞外。本发明方法采用两套排水系统，清水、污水分开抽排，减少了排放和处理量，在洞内设置清、污水固定泵站，采用逐级接力抽排，解决长大反坡隧道排水难问题。