本发明涉及航道测量与数据分析技术领域，尤其涉及一种航道水下地形数据分析系统，包括，信息获取模块，用以获取航道的水下地形数据、航道底质数据、航道路线数据和潮汐数据，底质分析模块，用以对航道底质类型进行分析，并对航道基础参数进行分析，调整优化模块，用以对航道基础参数的分析过程进行调整，对水深变化指数进行分析，并对航道基础参数的调整过程进行优化，地形数据分析模块，用以对航道进行区域划分，并对地形障碍进行分析，对地形波动性进行分析，航道分析模块，用以对航道通行状态进行分析，航道风险评估模块，用以对航道进行风险评估。本发明有效提高了对航道水下地形数据分析的准确性。