本发明属于智能变电站领域，公开了一种变电站二次设备故障诊断方法及系统，应用于智能变电站三层两网结构，本方法包括：建立智能变电站GOOSE链路和SV链路中的简单故障信息特征集合和复杂故障信息特征集合；运用专家系统知识库，建立简单故障诊断模型；以及构建BAS‑SVM模型，并使用复杂故障信息特征集合，对BAS‑SVM模型进行训练，得到最优的BAS‑SVM复杂故障诊断模型；利用两个故障诊断模型进行故障诊断。本发明既考虑简单故障又考虑复杂故障，分别对其进行诊断，提高诊断效率。