一种船用液氨燃料系统气液分离装置，有水平放置的圆筒形容器，容器底部设置有底部加热系统；容器顶部两端分别设置有进气管和出气管，进气管一端伸入容器内部，另一端与吹扫透气管路相连通，容器靠近进气管的一端设置有氮气吹扫接口；出气管一端伸入容器内部，另一端与透气桅相连通，在容器外部，出气管靠近透气桅的位置设置有取样口，容器底端表面中心处设置有泄放口。本发明提高了氨气与液氨的分离效率，保证液氨燃料在任何操作程序下都以气体状态泄放至大气。并且，由于氨燃料经过管路及发动机系统参与燃烧，因此在通过吹扫透气管路吹扫至气液分离器的气体中可能会掺杂油污，该装置的另一目的也可将油污与气体分离并将油污进一步存储泄放。