本实用新型提供一种在形成有MOR膜的基板获得良好的图案的基板处理装置和基板处理方法。晶圆处理系统(1)具备：第1输送路径，其是MOR膜形成后且曝光处理实施前的晶圆(W)的输送路径；和第2输送路径，其是曝光处理实施后的晶圆(W)的输送路径。晶圆处理系统(1)具备氮气氛载置部(例如，氮气氛载置部51、53、54、70等)，其设置于第1输送路径和第2输送路径中的至少任一者，用于在气氛气体的氮浓度设定得比空气的氮浓度高的环境中载置晶圆(W)。