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公开(公告)号：CN115083515A
公开(公告)日：2022-09-20
申请号：CN202210785327.9
申请日：2022-06-30
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 考虑界面信息和相互作用能的蛋白质‑DNA结合亲和性预测方法，属于蛋白质‑DNA相互作用与识别预测技术领域。首先构建训练集和测试集，根据实验结合亲和性数据以及复合物结构PDB ID号，取得340个样本，其中36个作为独立测试集，其余作为训练集；然后按以下三个步骤进行：1：对复合物结构进行分类；2：提取复合物特征；3：使用集成回归模型预测复合物结合亲和性。在此过程种，根据DNA结构类型和蛋白质上结合残基占比对复合物进行分类，并针对每种复合物类型提取各自的最优特征组合；除蛋白质和DNA的序列和结构特征外，加入了界面特征和相互作用能特征。
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公开(公告)号：CN108959852A
公开(公告)日：2018-12-07
申请号：CN201710374897.8
申请日：2017-05-24
Applicant: 北京工业大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 基于氨基酸‑核苷酸成对偏好性信息的蛋白质上与RNA结合模块的预测方法，属于蛋白质‑RNA相互作用与识别技术领域。第一步，以蛋白质三维结构中的每个氨基酸残基为中心，将与之有接触的所有残基划分为一个模块；然后剔除所有的不包含任何表面残基的内部模块，保留至少含有一个表面残基的表面模块；第二步，对表面模块定义三个参数：模块的界面偏好性模块内部接触面积Q和模块溶剂可接近表面积A，计算三者的乘积值PPQA，并将模块按照PPQA值由高到低进行排序，排在前两位的模块被识别为蛋白质上RNA可能的结合模块。该方法识别非核糖体RNA结合单链蛋白质上的结合模块有很好的效果，成功率较高。
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公开(公告)号：CN105279395A
公开(公告)日：2016-01-27
申请号：CN201510685897.0
申请日：2015-10-20
Applicant: 北京工业大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 一种HIV-1整合酶突变株对EVG耐药倍数变化值的预测方法，属于生物信息学领域。该方法包括以下几个步骤：(1)编码数据集。建立一个主要突变的基因型及其对应的表现型log FC值得数据集；(2)根据突变导致残基侧链理化性质变化是否一致将数据集中的基因型进行了三种不同的整合，三种整合依据分别为体积变化、电荷变化，综合体积电荷变化；(3)聚类分析法除去异常值；(4)将步骤(3)得到的三类数据集用遗传算法筛选得到优秀种群个体；(5)将三类数据集分别建立多元逐步回归模型。得到回归方程，复相关系数等参数；(6)将待预测的数据带入到回归方程，便可得到相对应的预测值。
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公开(公告)号：CN103245659B
公开(公告)日：2016-01-13
申请号：CN201310148798.X
申请日：2013-04-25
Applicant: 北京工业大学
IPC: G01N21/78
Abstract: 一种吸管式蛋白质快速检测器及使用方法，属于生命科学实验技术领域。由依次连接的橡胶吸球、管体、储液池、反应池、吸头、橡胶封组成；其中，橡胶吸球紧密套在管体上，考马斯亮蓝G-250染液注满于储液池中，橡胶封紧密封住吸头的顶端。使用时，拔掉橡胶封，挤压橡胶吸球，将考马斯亮蓝G-250染液挤出储液池直至考马斯亮蓝G-250染液被挤至吸头顶端，将吸头移入待测样品溶液中并缓慢放松橡胶吸球以吸入待测样品溶液；待考马斯亮蓝G-250染液与待测样品溶液充满反应池时，根据混合液的颜色变化对待测样品溶液中是否含有蛋白质进行初步判断，如果混合液的颜色由灰棕色变为蓝色，则待测样品溶液中含有蛋白质，否则不含有蛋白质。
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公开(公告)号：CN101983774A
公开(公告)日：2011-03-09
申请号：CN201010532102.X
申请日：2010-10-29
Applicant: 北京工业大学
IPC: B01L9/06
Abstract: 本发明公开了通用型离心管架，由支撑丝(1)、支撑板(2)和基座(3)组成，支撑丝(1)由刚韧富有弹性的尼龙丝或猪鬃制成，支撑丝(1)固定于两块平行的支撑板(2)内侧，呈相对分布，两侧支撑丝(1)的末端留有间隙，支撑板(2)直立固定于基座(3)上。使用时，将不同规格的离心管直立插入支撑丝(1)中，刚韧富有弹性的支撑丝(1)可稳定保持离心管的直立状态，与使用多种离心管架相比，节省了实验空间，给实验操作带来便利。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115083515B
公开(公告)日：2024-06-11
申请号：CN202210785327.9
申请日：2022-06-30
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 考虑界面信息和相互作用能的蛋白质‑DNA结合亲和性预测方法，属于蛋白质‑DNA相互作用与识别预测技术领域。首先构建训练集和测试集，根据实验结合亲和性数据以及复合物结构PDB ID号，取得340个样本，其中36个作为独立测试集，其余作为训练集；然后按以下三个步骤进行：1：对复合物结构进行分类；2：提取复合物特征；3：使用集成回归模型预测复合物结合亲和性。在此过程种，根据DNA结构类型和蛋白质上结合残基占比对复合物进行分类，并针对每种复合物类型提取各自的最优特征组合；除蛋白质和DNA的序列和结构特征外，加入了界面特征和相互作用能特征。
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公开(公告)号：CN116741264A
公开(公告)日：2023-09-12
申请号：CN202310445893.X
申请日：2023-04-23
Applicant: 北京工业大学 , 北京华欣卓越科技有限公司
Abstract: 考虑转移熵和空间近邻进化信息的基于集成模型的蛋白质变构位点预测方法，属于蛋白质功能位点预测技术领域。包括四个步骤：一是查找蛋白质表面潜在的变构口袋，二是提取口袋特征，三是产生多份训练子集并筛选获得最优特征组合，四是构建基于多个子模型的集成模型以预测蛋白质变构位点。本发明首次将动力学转移熵和空间协同进化信息用于蛋白质变构位点预测，其中空间协同进化信息是我们之前开发的，可以很好地考虑氨基酸残基空间近邻的协同进化性。
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公开(公告)号：CN108959852B
公开(公告)日：2021-12-24
申请号：CN201710374897.8
申请日：2017-05-24
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 基于氨基酸‑核苷酸成对偏好性信息的蛋白质上与RNA结合模块的预测方法，属于蛋白质‑RNA相互作用与识别技术领域。第一步，以蛋白质三维结构中的每个氨基酸残基为中心，将与之有接触的所有残基划分为一个模块；然后剔除所有的不包含任何表面残基的内部模块，保留至少含有一个表面残基的表面模块；第二步，对表面模块定义三个参数：模块的界面偏好性模块内部接触面积Q和模块溶剂可接近表面积A，计算三者的乘积值PPQA，并将模块按照PPQA值由高到低进行排序，排在前两位的模块被识别为蛋白质上RNA可能的结合模块。该方法识别非核糖体RNA结合单链蛋白质上的结合模块有很好的效果，成功率较高。
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公开(公告)号：CN108932400B
公开(公告)日：2021-07-23
申请号：CN201710374896.3
申请日：2017-05-24
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 一种考虑界面信息的有效的蛋白质‑RNA复合物结构预测方法，属于蛋白质‑RNA分子识别与相互作用研究领域。第一，以蛋白质中的每个氨基酸残基为中心，将与之有接触的残基划分为一个模块，剔除内部模块，保留表面模块。第二，对表面模块定义PPQA：模块的界面偏好性P、内部接触面积Q和溶剂可及表面积A三者乘积；根据PPQA由高到低排序，排在前两位的为可能的结合模块。第三，将结合模块信息整合到BESDock分子对接中，约束对接采样的范围。第四，用组合打分函数RPveScore评估对接采样的结合模式，分值由低到高排序，筛选出近天然结构。该方法提高采样效率，提高近天然结构的排名，给出复合物结构良好的预测。
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公开(公告)号：CN103275945A
公开(公告)日：2013-09-04
申请号：CN201310188288.5
申请日：2013-05-20
Applicant: 北京工业大学
Abstract: 可溶性HIV-1整合酶重组蛋白的制备方法，属于生物技术领域。制备方法包括诱导表达、菌体破碎、纯化等步骤，所用表达培养基含有15-35g/L胰蛋白胨，10-20g/L酵母提取物，2-3g/L氯化钠，1g/L葡萄糖，10-15g/L甘油，2.05g/L磷酸氢二钠，1.27g/L磷酸二氢钠，50mg/L硫酸镁，60mg/L卡那霉素，所用裂解缓冲液含有20mM 4-羟乙基哌嗪乙磺酸，1M氯化钠，2mM β-巯基乙醇，0.3mg/ml溶菌酶，5mM咪唑，pH值为9.0。表达培养基可保证宿主菌的正常生长和目的蛋白的高效表达，裂解缓冲液可加强菌体的破碎效果，增加目的蛋白的可溶性，最终提高目的蛋白的产率。
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