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公开(公告)号：CN108472121A
公开(公告)日：2018-08-31
申请号：CN201680079602.8
申请日：2016-11-21
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
CPC分类号： C12Q1/6869 , C07D495/04 , C07H19/207 , C09B69/105 , G01N21/6428 , G01N2021/6439
摘要： 本发明提供了标记的核苷酸类似物，其包含至少一个亲和素蛋白、至少一个染料标记的化合物和至少一个核苷酸化合物。这些类似物可用于各种基于荧光的分析方法，包括在高密度下大量的高度多重光学反应分析，如单分子实时核酸测序反应。在期望的波长处，所述类似物能够以高灵敏度检测。标记的核苷酸类似物包含调节类似物与DNA聚合酶相互作用的结构组分，从而在测序反应中减少类似物的光损伤并改善类似物的动力学性质和其他性质。还提供了本发明类似物的核苷酸化合物和染料标记的化合物，以及可用于制备化合物和类似物的中间体。还提供了：包含所述化合物的组合物；中间体、化合物和类似物的合成方法；以及突变DNA聚合酶。
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公开(公告)号：CN107615283A
公开(公告)日：2018-01-19
申请号：CN201680030485.6
申请日：2016-05-23
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
摘要： 示例性实施方案提供了用于二倍体基因组组装和单倍型序列重建的方法和系统。所述示例性实施方案的各方面包括：从两个单倍型的读段产生融合组装图，所述融合组装图包括所鉴别的主要重叠群和相关重叠群；使用已定相的读段和所述已定相的读段的感知到有单倍型的重叠来产生单倍型特异组装图；将所述融合组装图和所述单倍型特异组装图合并来产生合并的组装单倍型图；从所述合并的组装单倍型图去除交叉定相的连线以产生最终单倍型已分辨的组装图；以及从所述最终单倍型已分辨的组装图重建单倍型特异重叠群，从而产生单倍型特异重叠群。
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公开(公告)号：CN107615121A
公开(公告)日：2018-01-19
申请号：CN201680028418.0
申请日：2016-03-16
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
CPC分类号： C12Q1/6874 , G01N21/6452 , G01N21/648 , G01N21/7703 , G01N2201/06113 , G01N2201/08 , G02B6/00 , G02B6/122 , G02B6/34 , G02B2006/12147
摘要： 本发明提供了一种光传输装置以及包括光传输装置的集成分析系统。光传输装置包括光输入端、光输出端和集成光波导，集成光波导构造为使光能量经由自由空间耦合至目标波导装置。集成分析系统包括与目标波导装置组合起来的光传输装置。该装置及系统在高密度下的大量高度多路复用光反应的分析中有用，这些反应包括例如核酸测序反应等生物化学反应。该装置设置用于使来自光源的光激发能量与光反应高效耦合。因此，可以以高灵敏度和识别力来测量从反应中发射的光信号。该装置及系统良好地适于小型化和高通量。
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公开(公告)号：CN104624258B
公开(公告)日：2016-11-09
申请号：CN201410667643.1
申请日：2011-02-18
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
IPC分类号： B01L3/00 , G01N21/03 , G01N21/05 , G01N21/64 , G01N33/543
CPC分类号： C12Q1/6874 , B01L3/502707 , B01L3/502715 , B01L2300/0654 , B01L2300/0663 , B01L2300/0816 , B01L2300/168 , B82Y20/00 , C12Q1/6825 , C12Q1/6869 , G01N21/03 , G01N21/0303 , G01N21/05 , G01N21/64 , G01N21/6428 , G01N21/645 , G01N21/6452 , G01N21/6454 , G01N21/6456 , G01N21/648 , G01N21/75 , G01N21/77 , G01N33/54373 , G01N2021/0346 , G01N2021/6434 , G01N2021/6439 , G01N2021/6441 , G01N2021/6463 , G01N2021/757 , G01N2021/7786 , G01N2201/067 , G01N2201/068 , G01N2201/08 , G02B6/1226 , Y10T436/143333
摘要： 一种用于测量分析反应的系统。本申请公开了在一体式装置结构内的分析组件，其用于集成到分析系统中。所述分析组件是可扩缩的，且包括多个分析装置，每个分析装置包括反应池、光学传感器和至少一个光学元件，所述光学元件设置成与所述反应池和所述传感器光通信，并将来自所述反应池的光信号递送至所述传感器。任选地将其它元件集成在所述分析组件中。还公开了用于形成和运行所述分析系统的方法。
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公开(公告)号：CN105849555A
公开(公告)日：2016-08-10
申请号：CN201480069926.4
申请日：2014-12-10
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
发明人： H-H·曾
IPC分类号： G01N33/48
摘要： 示例性实施方式提供了用于错误校正的序列读数的迭代聚类的方法和系统。示例性实施方式的方面包括接收序列读数的集和相关的质量值；将序列读数基于序列相似性分组为初始簇的集；生成各初始簇的簇共有区；基于与序列读数相关的质量值和簇共有区迭代改进聚类；并且生成并输出各簇的最终簇共有区。
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公开(公告)号：CN113166805B
公开(公告)日：2024-07-16
申请号：CN201980080348.7
申请日：2019-12-02
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
发明人： 阿诺德·奥利芬特 , 亚历克斯·涅米罗斯基 , 朱利安·肖恩·阿尔伯尼 , 迈克尔·约翰·埃里克斯塔德 , 丽贝卡·麦金利 , 乍得·弗莱舍 , 埃里克·比利亚雷亚尔
IPC分类号： C12Q1/6869
摘要： 一种分析系统，包括流动池、液体输送部件、气体输送部件和气泡发生器部件，其中，液体输送部件被配置成将液体从一个或多个容器输送到气泡发生器部件，其中，气体输送部件被配置成将气体从一个或多个源输送到气泡发生器部件，其中，气泡发生器部件被配置成将来自液体输送部件的液体与来自气体输送部件的气体混合，以将流体泡沫输送到流动池的内部，其中流体泡沫包括液体中气体的气泡。
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公开(公告)号：CN118284706A
公开(公告)日：2024-07-02
申请号：CN202280072469.9
申请日：2022-08-25
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
IPC分类号： C12Q1/6869 , G01N33/68 , G16B30/00
摘要： 平价的快速测序正在全球医学和医疗保健领域引发一场革命。本文公开了用于检测和辨别来自致密堆积的基底的光学信号的方法和系统。这些方法和系统在接近或低于光学系统的衍射极限的生物分子检测方面具有广泛应用，包括提高多核苷酸测序应用的效率和准确度。
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公开(公告)号：CN111187811B
公开(公告)日：2024-03-08
申请号：CN202010058688.4
申请日：2014-05-05
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
IPC分类号： C12Q1/6869
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公开(公告)号：CN117642514A
公开(公告)日：2024-03-01
申请号：CN202280047396.8
申请日：2022-05-04
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
IPC分类号： C12Q1/6825 , G01N21/01 , G01J3/28 , B82Y15/00 , C12Q1/6874
摘要： 提供了集成分析器件的阵列。所述阵列用于分析以大数量高密度方式分布的高度多路复用的光学反应，包括生物化学反应，如核酸测序反应。特别地，当阵列内器件的单元阱的横向维度减小时，例如当它们减小到2μm或甚至更小时，阵列提供了提高的光学收集效率和减小的背景信号。
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公开(公告)号：CN114691585B
公开(公告)日：2023-10-13
申请号：CN202210398695.8
申请日：2016-05-05
申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司
摘要： 一种将来自测序样本采集的信号转换为序列数据的多处理器流水线架构，其包括：定制协处理器卡，其配置为直接接收由图像传感器产生的串行传感器数据流，其中所述传感器数据表示构成所述图像传感器的像素的逐帧强度值；第一协处理器，其连续地接收所述串行传感器数据流并将所述逐帧强度值转置为反应单元组块；缓冲器，其重复地接收所述反应单元组块并在连续存储器位置存储较大预定时间窗口内每个相应反应单元的所述反应单元组块，以产生较大反应单元组块；以及多个第二协处理器，其检索来自所述缓冲器的所述较大反应单元组块，并且并行地将所述像素强度值转换为逐碱基序列数据。
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