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公开(公告)号：CN113699215B
公开(公告)日：2024-06-14
申请号：CN202110921675.X
申请日：2021-08-13
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/6811
摘要： 本发明公开了一种核酸适体筛选方法，包括：将待检验的核酸样品分为两组，第一组核酸样品在不含靶物质的条件下进行扩增，或不进行扩增，第二组一组核酸样品在含有靶物质的条件下进行扩增；对扩增后的两组核酸样品分别进行测序；测序完成后，比较两组核酸样品中核酸序列的覆盖深度差异，找出第二组中覆盖深度明显下降的核酸序列，筛选出候选核酸适体。该筛选方法能够更加简便、快捷、大批量地进行核酸适体的筛选，适用于从较长序列的核酸、多物种的基因组中筛选候选核酸适体。
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公开(公告)号：CN109385467A
公开(公告)日：2019-02-26
申请号：CN201811207172.0
申请日：2018-10-17
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/686
摘要： 本发明公开了一种基于细长反应腔的多重PCR扩增方法，包括将多重PCR扩增反应体系注入细长形的反应腔中，完成对特定样本多个靶区域的核酸扩增。细长形的反应腔体将多重PCR扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重PCR扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，简化了反应系统，降低了操作复杂度。
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公开(公告)号：CN104388299B
公开(公告)日：2016-03-16
申请号：CN201410605526.2
申请日：2014-10-30
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12M1/00
摘要： 本发明公开了一种用于细胞捕获的微流控芯片，包括相互配合的上基板和下基板，在所述下基板的表面刻有流道，所述流道包括入口和出口，所述流道内设有坝状结构，所述坝状结构距离流道底部的高度小于所述流道的深度，所述坝状结构由多个相互连接的弯折结构组成，所示坝状结构的一端连接所述流道的一个侧边，所述坝状结构的另一端连接所述流道的另一个侧边。本发明的微流控芯片大大提升了芯片的细胞捕获容量，且芯片加工工艺简单，极大地降低了对芯片加工平台的要求；另外本发明的微流控芯片可以对坝状结构中弯折结构的数量和弯折结构沿液体流动方向的深度以及坝状结构与上基板的高度进行相应的调整以满足不同的需要。
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公开(公告)号：CN104573407A
公开(公告)日：2015-04-29
申请号：CN201510070781.6
申请日：2015-02-10
申请人： 东南大学
摘要： 本发明公开了一种物种特异性内源性条形码的搜索方法及其在多样本混合测序中的应用。该搜索方法包括确定、搜集、比对候选基因组序列、计算当前滑动窗口内序列的变异度和窗口两侧序列的保守度、以及根据滑动窗口扫描计算结果，从而确定内源性条形码的步骤。确定内源性条形码后，利用重叠延伸PCR技术扩增并连接内源性条形码和待测目标序列，上机测序，然后通过内源性条形码特征判断测序片段的样本来源。与现有的体外合成的外源性条形码标记样本相比，内源性条形码不用人工合成DNA，并且可实现多个样本一步反应内同时扩增并连接各自条形码和待测目标序列，简化了先提取待测目标序列、再逐个连接体外合成条形码的实验过程，从而降低测序成本。
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公开(公告)号：CN101570784B
公开(公告)日：2011-11-23
申请号：CN200910026892.1
申请日：2009-06-03
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/68
摘要： 本发明基于信号组合编码的DNA连接测序方法，涉及一种采用信号组合编码的DNA连接测序方法，属于生物技术领域。本发明的特征在于连接测序反应中的信号编码，实现了利用相同数量标记物，在一次连接反应中同时检测标记物的指数量的碱基类型的测序过程，成倍缩短测序时间，大幅提高测序通量，降低测序成本。本发明利用现有多个标记物在被检测时信号状态的组合进行编码，并与所测碱基的种类一一对应，由于多个标记物信号状态组合数量随着标记物种类的数量的增加而呈现指数增长，提高了相同数量标记物的分辨力，从而达到在一次测序反应中检测标记物的指数量碱基类型的目的。
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公开(公告)号：CN118711655A
公开(公告)日：2024-09-27
申请号：CN202410834053.7
申请日：2024-06-26
申请人： 东南大学
摘要： 本发明公开了一种基于重叠混合测序的肿瘤突变负荷计算方法；属于生物信息技术领域，可应用于大规模样本肿瘤突变负荷检测中，包括如下步骤：提取样本全基因组DNA；基于混合方案分别取样本DNA混合；对混合后的DNA进行文库构建并上机测序；对混合测序数据进行生物信息学分析，检测每个混合池的体细胞非同义突变；根据混合池变异检测结果和混合方案，重建每个样本的体细胞非同义突变情况；根据重构结果计算每个样本的肿瘤突变负荷数值；本发明解决了大规模并行建库带来的实验操作复杂、成本高昂、实施难度大的问题。
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公开(公告)号：CN118620994A
公开(公告)日：2024-09-10
申请号：CN202410842399.1
申请日：2024-06-27
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12Q1/6869
摘要： 本发明公开了一种用于高通量测序的大规模单细胞全基因组液相编码方法，该方法用乳液方式将大量单细胞基因组并行分隔，在并行的、不含有固体微球的液滴中完成全基因组编码测序文库构建反应所需的包含核酸释放、全基因组核酸转座、核酸末端补齐、初步核酸扩增步骤，再将液滴进行破乳回收得到编码测序文库，实现对每个细胞基因组的编码。本发明基于液滴编码操控平台在规模、效率方面的优势，通过规避目前液滴编码中必需的固相微球，提高了大规模单细胞全基因组编码测序方法的可行性。此外，基于高效转座的全基因组编码方法具备低偏好性、高鲁棒性、拷贝数变异检测准确的优势。
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公开(公告)号：CN113533275B
公开(公告)日：2023-11-28
申请号：CN202110740248.1
申请日：2021-06-30
申请人： 东南大学
摘要： 本发明公开了一种固态纳米孔‑荧光共振能量转移复合检测方法，该方法用成对的荧光基团同时标记的分析物分子，采用共聚焦显微镜聚焦于纳米孔所在的平面，分析物在电场的驱动下通过纳米孔，同时也通过共聚焦显微镜的焦平面，当发生荧光共振能量转移，激发光信号被共聚焦显微镜捕捉并转换为电信号经计算机处理，结合分析物分子通过纳米孔的电信号，从而复合解析分子构象信息。本发明还公开了一种固态纳米孔‑荧光共振能量转移复合检测系统。本发明系统和检测方法能够更有效地进一步区分生物分子内部或生物分子之间细微构象差异，适用于多种分析物单独检测和不同的分析物混合检测。
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公开(公告)号：CN107058291B
公开(公告)日：2020-08-25
申请号：CN201710304056.X
申请日：2017-05-03
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12N15/10
摘要： 本发明提出了一种基于细长反应腔的全基因组扩增方法，其特征在于将多重链置换扩增反应体系注入细长型的反应腔中，完成对目标基因组的全基因组扩增。细长形的反应腔体将多重链置换扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重链置换扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，简化了反应系统，降低了操作复杂度。
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公开(公告)号：CN104357563A
公开(公告)日：2015-02-18
申请号：CN201410606732.5
申请日：2014-10-30
申请人： 东南大学
IPC分类号： C12Q1/68
CPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q2535/122
摘要： 本发明公开了一种二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，分两次对基因组DNA进行片段化后测序以获得单倍型信息：第一次DNA片段化将基因组DNA分割成为一系列较长的核酸片段，在较长的核酸片段中构建一组片段文库，对每个片段文库进行扩增；将扩增后的较长的核酸片段进行第二次DNA片段化，第二次DNA片段化后得到较短的核酸片段，每个片段文库独立构建测序文库并分别进行高通量测序，测序的结果首先在每个片段文库内部进行序列比对或拼接，获得较长的核酸序列后进行跨片段文库的序列比对和拼接，从而实现利用高通量测序获得基因组单倍型信息。本发明方法实现了利用高通量测序获得基因组单倍型信息，且简单、效率高。
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