公开(公告)号：CN118918950A

公开(公告)日：2024-11-08

申请号：CN202410851706.2

申请日：2024-10-14

申请人： 中国科学院天津工业生物技术研究所 ,  天工生物科技(天津)有限公司

发明人： 马红武 ,  杨毅 ,  杨春贺 ,  储光芸 ,  王若宇 ,  李浩然 ,  毛雨丰 ,  廖小平 ,  王猛

IPC分类号： G16B30/00 ,  G16B30/10 ,  G16B15/00 ,  G16B25/20

摘要： 本发明涉及一种面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其包括四个功能模块，sgRNA设计单元用于设计sgRNA；基因组编辑设计单元用于实现基因组编辑设计；任务管理与可视化系统用于监控和管理基因编辑设计任务的进度和状态；报错处理单元用于自动化识别和解决在进行基因组编辑设计过程中出现的错误。该在线工具面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计，设计的sgRNA、引物和同源臂可实现对基因组编辑实验的全流程支持，通过整合多种基因组编辑任务和流程实现了对多种基因组编辑实验场景的支持，通过整合同源臂和引物脱靶风险评估及优化有助于提高基因组编辑的成功率。

公开(公告)号：CN118711661A

公开(公告)日：2024-09-27

申请号：CN202410851880.7

申请日：2024-06-28

申请人： 中国科学院天津工业生物技术研究所 ,  天工生物科技(天津)有限公司

发明人： 王猛 ,  张悦 ,  程海娇 ,  毛雨丰 ,  杨毅 ,  杨春贺 ,  许涛 ,  赵募强 ,  廖小平 ,  马红武

IPC分类号： G16B25/20 ,  G16B20/50 ,  G06F40/205 ,  G16B30/00 ,  G16B30/10

摘要： 本发明涉及一种面向质粒点突变改造引物设计的自动化在线工具,包括数据预处理单元解析用户上传的Exce l文件，确定质粒文件名及目标基因和抗性基因的序列和位置；单点突变引物设计单元使用Pr imer3软件生成PCR引物和突变质粒文件；双点突变引物设计单元根据突变间距处理三种双点突变引物设计情况；测序验证引物设计单元生成测序所需引物；重组质粒图谱单元通过Bio工具包重组成新的质粒文件；数据检测收集单元检测并收集引物设计和质粒改造数据生成检测报告。有益效果：通过使用Pr imer3软件及BioPython工具包，自动解析用户序列数据设计PCR引物，并生成包含引物的突变质粒文件以及自动重组新的质粒文件。