公开(公告)号：CN118918950A

公开(公告)日：2024-11-08

申请号：CN202410851706.2

申请日：2024-10-14

申请人： 中国科学院天津工业生物技术研究所 ,  天工生物科技(天津)有限公司

发明人： 马红武 ,  杨毅 ,  杨春贺 ,  储光芸 ,  王若宇 ,  李浩然 ,  毛雨丰 ,  廖小平 ,  王猛

IPC分类号： G16B30/00 ,  G16B30/10 ,  G16B15/00 ,  G16B25/20

摘要： 本发明涉及一种面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计在线工具，其包括四个功能模块，sgRNA设计单元用于设计sgRNA；基因组编辑设计单元用于实现基因组编辑设计；任务管理与可视化系统用于监控和管理基因编辑设计任务的进度和状态；报错处理单元用于自动化识别和解决在进行基因组编辑设计过程中出现的错误。该在线工具面向基于CRISPR/Cas技术的基因组编辑自动化设计，设计的sgRNA、引物和同源臂可实现对基因组编辑实验的全流程支持，通过整合多种基因组编辑任务和流程实现了对多种基因组编辑实验场景的支持，通过整合同源臂和引物脱靶风险评估及优化有助于提高基因组编辑的成功率。

公开(公告)号：CN118866101A

公开(公告)日：2024-10-29

申请号：CN202410850343.0

申请日：2024-06-27

申请人： 中国科学院天津工业生物技术研究所 ,  天工生物科技(天津)有限公司

发明人： 王猛 ,  程海娇 ,  毛雨丰 ,  廖小平 ,  王若宇 ,  李浩然 ,  刘叶 ,  温潇 ,  储光芸 ,  赵募强 ,  马红武

IPC分类号： G16B30/00 ,  G16B20/20 ,  G16B20/50 ,  G16B40/00 ,  G16B45/00

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，具体地说，涉及一种Sanger测序结果分析的自动化在线工具。其包括输入与提交单元接收用户上传的测序数据和参考序列文件，并对其进行描述和标记；参数设置单元用于设置质量控制阈值、双峰识别阈值及可视化窗口大小；质量控制单元根据参数设置单元对每个ab1文件的5’端和3’端进行质控；突变识别单元使用比对算法识别SNPs、InDeIs、长片段插入/缺失，并通过双峰概率模型识别双峰现象；可视化与输出单元展示和生成突变识别结果的可视化报告。该一种Sanger测序结果分析的自动化在线工具，使用双峰概率模型并结合高级基因组比对和变异检测算法，精确识别Sanger测序色谱图中的杂合突变和基因编辑不完全性以及高质量的SNPs、短和长片段的插入/缺失。