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公开(公告)号：CN104077307B
公开(公告)日：2017-08-29
申请号：CN201310105207.0
申请日：2013-03-29
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: G06F17/30
Abstract: “单细胞表现型数据库系统和搜索引擎”是针对目前国内很少有相关的单细胞表现型数据库和基于单细胞表现型数据库的搜索引擎，从而很难进行单细胞表型研究的问题，提出一种单细胞表现型数据库系统和搜索引擎方法。单细胞表现型数据库系统和搜索引擎的主要模块由单细胞表现型数据库和搜索引擎两部分组成。(1)单细胞表现型数据库系统，适应于存储单细胞的拉曼光谱数据和单细胞图像。核心是两层数据库结构和相应的数据处理方法。(2)基于单细胞表现型数据库的搜索引擎。搜索引擎可以将某个未知细胞的拉曼光谱数据和细胞图像作为查询数据，通过搜索整个单细胞表现型数据库并找出最佳匹配细胞，从而获取此未知细胞的详细信息。
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公开(公告)号：CN105095686A
公开(公告)日：2015-11-25
申请号：CN201410205571.9
申请日：2014-05-15
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明是一种基于多核CPU硬件的高通量转录组测序数据质量控制方法。包括：利用多核CPU对高通量转录组测序数据进行并行处理，得到去除低测序质量序列的数据；利用多核CPU对去除低测序质量序列的数据中的rRNA序列进行预测和去除，并进行污染序列的定性鉴定；对序列比对结果进行统计和评价。本发明基于多核CPU计算机，克服了基于单核CPU硬件计算机的计算效率瓶颈，可以使高通量转录组数据质量控制效率提高7倍以上；本发明的应用将会显著提高高通量转录组数据质量控制的准确度和速度，广泛有助于转录组测序相关研究的迅速发展。
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公开(公告)号：CN105022935A
公开(公告)日：2015-11-04
申请号：CN201410163020.0
申请日：2014-04-22
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: G06F19/28
Abstract: 本发明涉及一种利用DNA进行信息存储的编码方法和解码方法。与传统的计算机磁性介质不同，DNA存储的信息写入方式是将信息编码后利用寡核苷酸链合成技术合成一定长度的寡核苷酸链，合成后的寡核苷酸链以粉末方式保存；DNA存储的读取技术是利用高通量测序技术将寡核苷酸链进行测序，测序后的片段拼接后进行转码即可恢复原始的计算机多媒体文件。由于DNA寡核苷酸链具有的特性，在设计编码方式时应该充分考虑DNA合成和测序过程中可能存在的随机误差，对DNA片段进行错误校验和多重覆盖分割。本发明所构建的用于DNA存储技术的编码方法简便易行，可以应用于各种格式的计算机多媒体文件转换为DNA序列从而进行信息存储。
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公开(公告)号：CN105588827B
公开(公告)日：2018-07-24
申请号：CN201410579147.0
申请日：2014-10-24
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
Abstract: 本发明涉及单细胞分选领域，具体的说是一种活体单细胞拉曼分析平台数字控制系统和方法。系统包括仪器控制模块、细胞图像识别分析模块、拉曼分析处理模块和单细胞筛选控制模块；方法包括：输入样本、数据采集、边缘检测和坐标识别、仪器控制模块根据细胞坐标控制XYZ轴移动到细胞所在的位置；将单细胞拉曼光谱与拉曼图谱数据库进行对比，获得该单细胞信息；当满足条件的单细胞到达微流控芯片的选择分叉部位时，利用仪器控制模块控制电磁阀将单细胞推入筛选细胞出口，否则单细胞流入废液池。本发明的应用将会形成系统化的、完整的操控平台，全面支撑和完善高通量原位活体单细胞光钳筛选系统的控制部分，进而提速单细胞分析的研究。
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公开(公告)号：CN104077307A
公开(公告)日：2014-10-01
申请号：CN201310105207.0
申请日：2013-03-29
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: G06F17/30
CPC classification number: G06F17/30321 , G06F17/30277
Abstract: “单细胞表现型数据库系统和搜索引擎”是针对目前国内很少有相关的单细胞表现型数据库和基于单细胞表现型数据库的搜索引擎，从而很难进行单细胞表型研究的问题，提出一种单细胞表现型数据库系统和搜索引擎方法。单细胞表现型数据库系统和搜索引擎的主要模块由单细胞表现型数据库和搜索引擎两部分组成。(1)单细胞表现型数据库系统，适应于存储单细胞的拉曼光谱数据和单细胞图像。核心是两层数据库结构和相应的数据处理方法。(2)基于单细胞表现型数据库的搜索引擎。搜索引擎可以将某个未知细胞的拉曼光谱数据和细胞图像作为查询数据，通过搜索整个单细胞表现型数据库并找出最佳匹配细胞，从而获取此未知细胞的详细信息。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN103897985A
公开(公告)日：2014-07-02
申请号：CN201210567603.0
申请日：2012-12-25
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: C12M1/36
Abstract: “活体单细胞分选电子控制系统”是针对目前分选单细胞出现的时间和精度上偏差、效率低下、不能多通道同时分选的问题，同时解决现有的细胞分选设备价格昂贵，结构复杂，体积庞大，不易普及的现象，提出一种活体单细胞分选电子控制系统。活体单细胞分选电子控制系统的主要模块包括：供电电源、工控板、存储介质、显示屏、通道控制模块、分选模块、电磁阀以及软件系统。其特点是(1)多通道可插拔分选控制模块。(2)实时活体单细胞分选。(3)智能化软件系统。
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公开(公告)号：CN105095686B
公开(公告)日：2018-08-14
申请号：CN201410205571.9
申请日：2014-05-15
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明是一种基于多核CPU硬件的高通量转录组测序数据质量控制方法。包括：利用多核CPU对高通量转录组测序数据进行并行处理，得到去除低测序质量序列的数据；利用多核CPU对去除低测序质量序列的数据中的rRNA序列进行预测和去除，并进行污染序列的定性鉴定；对序列比对结果进行统计和评价。本发明基于多核CPU计算机，克服了基于单核CPU硬件计算机的计算效率瓶颈，可以使高通量转录组数据质量控制效率提高7倍以上；本发明的应用将会显著提高高通量转录组数据质量控制的准确度和速度，广泛有助于转录组测序相关研究的迅速发展。
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公开(公告)号：CN105868518A
公开(公告)日：2016-08-17
申请号：CN201510026994.9
申请日：2015-01-20
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: G06F19/00
Abstract: 本发明是一种基于系统生物学的中药制剂非处方物种化学成分的网络药理分析方法。本发明包括以下步骤：获得待分析中药制剂的生物物种成分，包括处方物种和非处方物种；获得上述非处方物种的化学成分，对所述化学成分的不同格式文件进行标准化处理；利用STITCH数据库建立上述非处方物种化学成分与人蛋白的联系，得到待分析中药制剂非处方物种化学成分与蛋白相互作用关系文件；建立所获得人蛋白之间的相互作用关系，得到人蛋白之间相互作用关系文件；构建“中药制剂非处方物种化学成分---人蛋白---疾病”网络。本发明以中药制剂中非处方物种的化学成分作为研究对象，基于系统生物学思路，利用网络分析技术对其进行研究。
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公开(公告)号：CN103897985B
公开(公告)日：2016-08-10
申请号：CN201210567603.0
申请日：2012-12-25
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: C12M1/36
Abstract: “活体单细胞分选电子控制系统”是针对目前分选单细胞出现的时间和精度上偏差、效率低下、不能多通道同时分选的问题，同时解决现有的细胞分选设备价格昂贵，结构复杂，体积庞大，不易普及的现象，提出一种活体单细胞分选电子控制系统。活体单细胞分选电子控制系统的主要模块包括：供电电源、工控板、存储介质、显示屏、通道控制模块、分选模块、电磁阀以及软件系统。其特点是(1)多通道可插拔分选控制模块。(2)实时活体单细胞分选。(3)智能化软件系统。
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公开(公告)号：CN104673881A
公开(公告)日：2015-06-03
申请号：CN201310612193.1
申请日：2013-11-26
Applicant: 中国科学院青岛生物能源与过程研究所
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2535/122 , C12Q2537/165
Abstract: 本发明提供了一种基于高通量测序技术的中药制剂中生物成分分析方法：即基于中药制剂中的生物成分，对中药制剂的处方物种和杂质物种同时进行分析。该方法包括以下步骤：1）对中药制剂中生物成分的基因组DNA进行提取；2）对选定的DNA分子标记进行PCR扩增；3）对于扩增得到的DNA片段进行高通量测序；4）利用针对混合生物样本的、高性能、高准确性的物种结构解析软件（如Parallel-META等）对测序数据进行分析；5）根据软件分析结果，得到中药制剂所含的处方物种和杂质物种的种类，对于同一中药制剂，检测到的处方物种越多，杂质物种越少，说明该中药制剂的质量越好。
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