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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113571133B
公开(公告)日：2022-06-17
申请号：CN202111074774.5
申请日：2021-09-14
Applicant: 内蒙古农业大学
Abstract: 本发明公开了一种基于图神经网络的乳酸菌抗菌肽预测方法，通过搜索已知乳酸菌抗菌肽建立正样本，通过从蛋白质数据库中收集长度5‑255的序列建立负样本，去冗余序列与相似；依据正负样本进行特征提取得到特征向量及初始输入图，在此基础上建立图神经网络模型；通过对图神经网络模型进行训练、评估与循环优化，确定图神经网络最佳层数、最佳训练轮数和学习率等参数；最后，依据图神经网络模型对疑似具有抗菌活性的菌株数据进行预测。本发明采用上述乳酸菌抗菌肽预测方法，以计算机模型预测代替实验室湿实验筛选，缩短乳酸菌抗菌肽类蛋白质序列的判断时长，实现准确高效批量识别，为具有抗菌特性的乳酸菌菌株筛选提供了有效替代方法。
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公开(公告)号：CN113571133A
公开(公告)日：2021-10-29
申请号：CN202111074774.5
申请日：2021-09-14
Applicant: 内蒙古农业大学
Abstract: 本发明公开了一种基于图神经网络的乳酸菌抗菌肽预测方法，通过搜索已知乳酸菌抗菌肽建立正样本，通过从蛋白质数据库中收集长度5‑255的序列建立负样本，去冗余序列与相似；依据正负样本进行特征提取得到特征向量及初始输入图，在此基础上建立图神经网络模型；通过对图神经网络模型进行训练、评估与循环优化，确定图神经网络最佳层数、最佳训练轮数和学习率等参数；最后，依据图神经网络模型对疑似具有抗菌活性的菌株数据进行预测。本发明采用上述乳酸菌抗菌肽预测方法，以计算机模型预测代替实验室湿实验筛选，缩短乳酸菌抗菌肽类蛋白质序列的判断时长，实现准确高效批量识别，为具有抗菌特性的乳酸菌菌株筛选提供了有效替代方法。
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公开(公告)号：CN115938486B
公开(公告)日：2023-11-10
申请号：CN202211558598.7
申请日：2022-12-06
Applicant: 内蒙古农业大学
Abstract: 本发明公开了基于图神经网络的抗菌性乳酸菌株筛选方法，包括：S1、通过蛋白质预测方法得到已测序乳酸菌的多个开放阅读框；S2、利用乳酸菌抗菌肽图神经网络模型对开放阅读框进行预测，得到多个可能的乳酸菌抗菌肽片段集合A1；利用乳酸菌抗菌肽数据库对开放阅读框进行多序列比对，得到乳酸菌抗菌肽片段集合A2；利用生物信息软件工具Hmmer对开放阅读框进行结构域预测，得到结构域片段集合A3；S3、若片段集合A1、A2、A3交集不为空，则判断A1、A2、A3对应的乳酸菌具有抗菌性，最后通过溯源找到抗菌肽乳酸菌株。本发明采用上述方法，实现了高通量筛选、准确筛选和快速筛选。
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公开(公告)号：CN103903053A
公开(公告)日：2014-07-02
申请号：CN201410026790.0
申请日：2014-01-18
Applicant: 内蒙古农业大学
Abstract: 本发明公开了一种基于蚁群优化和遗传算法的粗粒度并行算法，初始化m只蚂蚁的起始城市；蚁群周游一次，将周游结果作为GA的初始种群；蚁群周游一次，计算并记录本次周游具有最短路径的蚂蚁；运行GA的选择算子、GA的杂交算子、GA的变异算子；若迭代过程达到预先设定的迭代条件，计算并输出运行时间，输出最优解。经过大量计算表明，该并行算法的计算速度优于同等串行算法。
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公开(公告)号：CN115938486A
公开(公告)日：2023-04-07
申请号：CN202211558598.7
申请日：2022-12-06
Applicant: 内蒙古农业大学
Abstract: 本发明公开了基于图神经网络的抗菌性乳酸菌株筛选方法，包括：S1、通过蛋白质预测方法得到已测序乳酸菌的多个开放阅读框；S2、利用乳酸菌抗菌肽图神经网络模型对开放阅读框进行预测，得到多个可能的乳酸菌抗菌肽片段集合A1；利用乳酸菌抗菌肽数据库对开放阅读框进行多序列比对，得到乳酸菌抗菌肽片段集合A2；利用生物信息软件工具Hmmer对开放阅读框进行结构域预测，得到结构域片段集合A3；S3、若片段集合A1、A2、A3交集不为空，则判断A1、A2、A3对应的乳酸菌具有抗菌性，最后通过溯源找到抗菌肽乳酸菌株。本发明采用上述方法，实现了高通量筛选、准确筛选和快速筛选。
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