-
公开(公告)号：CN110322925B
公开(公告)日：2021-09-03
申请号：CN201910649862.X
申请日：2019-07-18
申请人： 杭州纽安津生物科技有限公司
IPC分类号： G16B20/00 , G16B30/00 , C12Q1/6886
摘要： 本发明公开了一种预测融合基因产生新生抗原的方法，包括如下内容：将测序得到的原始数据进行质控；将质控后的数据比对到参考基因组，并对重复序列进行标记；使用软件预测HLA一类、二类分型；使用软件预测融合基因事件；对预测的融合基因事件进行注释、打分、排序和筛选；对筛选后的融合基因断点上下游的核苷酸序列进行提取和翻译得到新生多肽；对新生多肽进行MHC亲和力预测，使用多个HLA分型亲和力预测软件进行亲和力预测，再在预测结果中筛选出亲和力较强的多肽；根据融合基因新生多肽的表位结合能力和多肽特性进行筛选和设计新生多肽；本发明能够在优化检测速度的同时，大幅提升检测目的基因融合新生抗原的灵敏度和特异性。
-
公开(公告)号：CN108491689A
公开(公告)日：2018-09-04
申请号：CN201810101545.X
申请日：2018-02-01
申请人： 杭州纽安津生物科技有限公司
IPC分类号： G06F19/22
摘要： 本发明公开了基于转录组的肿瘤抗原鉴定方法，包括获取患者肿瘤组织的RNA样本，对RNA样本建库和扩增，获得肿瘤组织的RNA样本测序结果；将RNA样本测序结果的短读段比对到人类参考基因组，获得RNA比对结果；根据RNA比对结果计算基因表达量，根据RNA比对结果进行突变检测和预测融合基因事件；根据比对结果预测转录组HLA分型；计算基因表达量、突变检测和预测融合基因事件；将转录组样本的基因表达量，转录组突变位点在全外测序样本中的深度，新生短肽与患者HLA分型的结合力作为分析结果交给下游分析人员四个步骤。本发明提供了一种能够从肿瘤患者转录组NGS数据中鉴定出个体样本的肿瘤特异性抗原的方法。
-
公开(公告)号：CN109797197A
公开(公告)日：2019-05-24
申请号：CN201910110142.6
申请日：2019-02-11
申请人： 杭州纽安津生物科技有限公司
IPC分类号： C12Q1/6806 , C40B50/06 , C12N15/11 , C12N15/10 , C40B80/00 , C12Q1/6886
摘要： 本发明公开了一种单链分子标签接头及单链DNA建库方法及其在检测循环肿瘤DNA中应用，单链分子标签接头，包括：14个碱基配对形成的茎结构、测序引物序列、和8个随机核苷酸组成的分子标签序列，其中测序引物序列与茎结构序列之间插入了一位碱基“U”，该单链核酸序列经退火变性会形成茎环结构；本发明通过单链DNA建库，解决现有检测技术中对液态活检特别是ctDNA片段短、浓度低、碎片化、灵敏度低技术问题；实现准确辨别基因组坐标始末位点相同的测序reads是来自同一还是多个原始细胞释放出来的cfDNA，并将来源于同一个细胞的原始正负链的测序reads配对起来分析的目的，从而降低测序的重复劳动，提高对假阳性突变的分辨率。
-
公开(公告)号：CN108388773B
公开(公告)日：2019-11-19
申请号：CN201810101691.2
申请日：2018-02-01
申请人： 杭州纽安津生物科技有限公司
摘要： 本发明提供了一种能够从NGS数据中分析出个体样本的肿瘤特异性抗原的方法；本发明能够利用NGS数据，快速准确的分析出个体样本的肿瘤特异性抗原，为医生的诊断和分析提供参考依据，并且可同步进行正常细胞和肿瘤细胞与人类参考基因组的比对，分析时间短，分析效率高。
-
公开(公告)号：CN110322925A
公开(公告)日：2019-10-11
申请号：CN201910649862.X
申请日：2019-07-18
申请人： 杭州纽安津生物科技有限公司
IPC分类号： G16B20/00 , G16B30/00 , C12Q1/6886
摘要： 本发明公开了一种预测融合基因产生新生抗原的方法，包括如下内容：将测序得到的原始数据进行质控；将质控后的数据比对到参考基因组，并对重复序列进行标记；使用软件预测HLA一类、二类分型；使用软件预测融合基因事件；对预测的融合基因事件进行注释、打分、排序和筛选；对筛选后的融合基因断点上下游的核苷酸序列进行提取和翻译得到新生多肽；对新生多肽进行MHC亲和力预测，使用多个HLA分型亲和力预测软件进行亲和力预测，再在预测结果中筛选出亲和力较强的多肽；根据融合基因新生多肽的表位结合能力和多肽特性进行筛选和设计新生多肽；本发明能够在优化检测速度的同时，大幅提升检测目的基因融合新生抗原的灵敏度和特异性。
-
公开(公告)号：CN108491689B
公开(公告)日：2019-07-09
申请号：CN201810101545.X
申请日：2018-02-01
申请人： 杭州纽安津生物科技有限公司
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 本发明公开了基于转录组的肿瘤抗原鉴定方法，包括获取患者肿瘤组织的RNA样本，对RNA样本建库和扩增，获得肿瘤组织的RNA样本测序结果；将RNA样本测序结果的短读段比对到人类参考基因组，获得RNA比对结果；根据RNA比对结果计算基因表达量，根据RNA比对结果进行突变检测和预测融合基因事件；根据比对结果预测转录组HLA分型；计算基因表达量、突变检测和预测融合基因事件；将转录组样本的基因表达量，转录组突变位点在全外测序样本中的深度，新生短肽与患者HLA分型的结合力作为分析结果交给下游分析人员四个步骤。本发明提供了一种能够从肿瘤患者转录组NGS数据中鉴定出个体样本的肿瘤特异性抗原的方法。
-
-
-
-
-
-
搜索结果
7 条记录 (耗时 0.038 秒)
