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公开(公告)号：CN113223606A
公开(公告)日：2021-08-06
申请号：CN202110522399.X
申请日：2021-05-13
申请人： 浙江大学
摘要： 本发明公开了一种用于复杂性状遗传改良的基因组选择方法，包括以下步骤：(1)统计遗传模型的建立；(2)主效基因定位；(3)遗传参数估计；(4)基于个体全基因组育种值的选择。与现有技术相比，本发明的有益效果为：a)与GBLUP的模型假设相比，本申请提出的模型假设更符合生物学遗传规律，具有更高的预测力，即具有更高的基因组选择精度；b)本发明基于混合线性模型，具有很大的灵活性，便于模型扩展。
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公开(公告)号：CN103632067B
公开(公告)日：2016-08-17
申请号：CN201310549029.0
申请日：2013-11-07
申请人： 浙江大学
IPC分类号： G06F19/12
摘要： 本发明公开了一种基于混合线性模型的种子数量性状位点定位方法，包括：建立统计遗传模型；在全基因组范围内搜索所有可能存在QTL的候选标记区间：将所述的候选标记区间作为协变量，在全基因组范围内搜索显著的QTL位点和二互作标记区间；以所述的QTL位点和二互作标记区间作为协变量，在显著的互作标记区间内搜索显著的二互作上位性的位点；通过所述QTL位点和二互作上位性的位点，获得统计遗传模型中各种效应的系数，然后通过统计遗传模型，计算这些位点的效应以及估算每个位点的遗传率。本发明将种子性状分成二倍体种子和三倍体种子，考虑了上位性效应及基因与环境互作的效应，可快速无偏的估计种子数量性状位点的位置及各种效应。
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公开(公告)号：CN118412044A
公开(公告)日：2024-07-30
申请号：CN202410621650.1
申请日：2024-05-17
申请人： 浙江大学
摘要： 本发明公开了一种用于纯合多亲本高世代互交群体的QTL定位方法，包括以下步骤：(1)遗传效应的正交分解；(2)亲本来源概率矩阵的构建；(3)统计遗传模型的建立；(4)QTL定位及其遗传参数估计。与现有技术相比，本发明利用正交分解的方法将加性方差与加加上位性方差分解，提高了QTL的定位功效，降低了假阳性率；与现有不含上位性和基因与环境互作效应的MAGIC群体QTL定位和遗传参数估计模型相比，本发明提出的模型包含了加加上位性效应、环境互作效应，更符合复杂性状的遗传特征，更能有效地解析复杂性状的遗传结构；本发明提出的混合线性模型灵活性高，极易将模型和分析方法拓展到更多亲本及任意世代的MAGIC群体。
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公开(公告)号：CN105740649A
公开(公告)日：2016-07-06
申请号：CN201610045592.8
申请日：2016-01-22
申请人： 浙江大学
IPC分类号： G06F19/18
CPC分类号： G06F19/18
摘要： 本发明公开了一种基于混合线性模型的多性状关联分析方法，该方法包括：构建统计遗传模型；确定效应显著的单位点SNP标记；确定互作效应显著的二互作上位性SNP标记；估算遗传效应。本发明基于多变量混合线性模型的多性状全基因组关联分析方法综合利用了多个遗传相关性状的变异信息，与单性状分析方法相比，具有较高的分析功效和较低的假阳性，QTS位置估算更为准确，效应估计更为稳健。
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公开(公告)号：CN113223606B
公开(公告)日：2022-05-27
申请号：CN202110522399.X
申请日：2021-05-13
申请人： 浙江大学
摘要： 本发明公开了一种用于复杂性状遗传改良的基因组选择方法，包括以下步骤：(1)统计遗传模型的建立；(2)主效基因定位；(3)遗传参数估计；(4)基于个体全基因组育种值的选择。与现有技术相比，本发明的有益效果为：a)与GBLUP的模型假设相比，本申请提出的模型假设更符合生物学遗传规律，具有更高的预测力，即具有更高的基因组选择精度；b)本发明基于混合线性模型，具有很大的灵活性，便于模型扩展。
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公开(公告)号：CN103632067A
公开(公告)日：2014-03-12
申请号：CN201310549029.0
申请日：2013-11-07
申请人： 浙江大学
IPC分类号： G06F19/12
摘要： 本发明公开了一种基于混合线性模型的种子数量性状位点定位方法，包括：建立统计遗传模型；在全基因组范围内搜索所有可能存在QTL的候选标记区间：将所述的候选标记区间作为协变量，在全基因组范围内搜索显著的QTL位点和二互作标记区间；以所述的QTL位点和二互作标记区间作为协变量，在显著的互作标记区间内搜索显著的二互作上位性的位点；通过所述QTL位点和二互作上位性的位点，获得统计遗传模型中各种效应的系数，然后通过统计遗传模型，计算这些位点的效应以及估算每个位点的遗传率。本发明将种子性状分成二倍体种子和三倍体种子，考虑了上位性效应及基因与环境互作的效应，可快速无偏的估计种子数量性状位点的位置及各种效应。
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公开(公告)号：CN102492776B
公开(公告)日：2013-09-04
申请号：CN201110422622.X
申请日：2011-12-16
申请人： 浙江大学
摘要： 本发明公布了一种基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法。传统方法遗传基础狭窄，且遗传作图和育种实践不能紧密结合。本发明方法使用四亲本轮回交配群体作为遗传连锁图谱构建的群体，首先对分子标记信息的采集，准备分子标记的电泳实验中点样样品，并对分子标记的电泳实验中m个分子标记的胶带进行观察；然后对分子标记间距离估测，利用最大似然法估测两个分子标记间的重组率r，将重组率r整理成分子标记的距离矩阵；再构建连锁群，最后对连锁群内分子标记顺序排列。本发明利用的四交群体其染色体上具有24个等位位点，能较好的遗传差异，增加多态性，从而提高遗传图谱的覆盖率，降低以往所采用方法中所造成的遗传统计上类误差的概率。
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公开(公告)号：CN102492776A
公开(公告)日：2012-06-13
申请号：CN201110422622.X
申请日：2011-12-16
申请人： 浙江大学
摘要： 本发明公布了一种基于四交群体的遗传连锁图谱构建方法。传统方法遗传基础狭窄，且遗传作图和育种实践不能紧密结合。本发明方法使用四亲本轮回交配群体作为遗传连锁图谱构建的群体，首先对分子标记信息的采集，准备分子标记的电泳实验中点样样品，并对分子标记的电泳实验中m个分子标记的胶带进行观察；然后对分子标记间距离估测，利用最大似然法估测两个分子标记间的重组率r，将重组率r整理成分子标记的距离矩阵；再构建连锁群，最后对连锁群内分子标记顺序排列。本发明利用的四交群体其染色体上具有2～4个等位位点，能较好的遗传差异，增加多态性，从而提高遗传图谱的覆盖率，降低以往所采用方法中所造成的遗传统计上Ⅱ类误差的概率。
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