检测染色体非整倍性的方法、装置及系统

    公开(公告)号:CN111919256B

    公开(公告)日:2024-10-11

    申请号:CN201880091839.7

    申请日:2018-05-07

    IPC分类号: G16B20/10 C12Q1/6883 C12M1/34

    摘要: 一种检测染色体非整倍性的方法、装置及系统。方法包括:对待测样本中的至少一部分核酸进行测序,获得包括读段的测序结果;将读段比对到参考序列,获得比对结果,比对结果包括读段定位于具体染色体的信息;对比对结果进行过滤,包括过滤掉比对结果中定位于参考序列上比对能力非为1的区域的读段,定义参考序列中定位到参考序列唯一位置的区域的比对能力为1;对于第一染色体,基于比对结果,确定定位到该第一染色体的读段的量;比较定位到该第一染色体的读段的量与阴性样本中的定位到相应第一染色体的读段的量,以判定该第一染色体的数目。

    固相基底及其生物芯片
    2.
    发明公开

    公开(公告)号:CN117987247A

    公开(公告)日:2024-05-07

    申请号:CN202211734181.1

    申请日:2022-12-30

    IPC分类号: C12M1/34 C12M1/00

    摘要: 本发明属于生物检测设备技术领域,涉及一种固相基底及其生物芯片。本发明提供的固相基底的表面设有trackline,trackline包括第一方向的若干第一trackline和第二方向的若干第二trackline,其中,第一方向与第二方向为非平行关系;每一第一trackline具有在第一方向上周期性排列的第一重复单元,第一重复单元包含在第一方向上排列的多个位点,第一重复单元包括至少一组长周期位点,长周期位点包括至少三个第一位点,且相邻的两个第一位点之间的第一距离相等。本发明通过重新设计固相基底上trackline的重复单元位点的排布结构,显著提高trackline的可识别性,从而提高校准的准确性。

    检测染色体非整倍性的方法、装置及系统

    公开(公告)号:CN117766020A

    公开(公告)日:2024-03-26

    申请号:CN202311517463.0

    申请日:2018-05-07

    摘要: 本发明公开了一种检测染色体非整倍性的方法、装置及系统。方法包括:对待测样本中的至少一部分核酸进行测序,获得包括读段的测序结果;将读段比对到第一参考序列,获得比对结果,比对结果包括读段定位于具体染色体的信息;对于第一染色体,基于比对结果,确定定位到该第一染色体的读段的量;比较定位到该第一染色体的读段的量与阴性样本中的定位到相应第一染色体的读段的量,以判定该第一染色体的数目。利用该方法进行染色体非整倍性检测,获得的检测结果具有较高灵敏度和准确性。

    基于图像构建测序模板的方法、碱基识别方法和装置

    公开(公告)号:CN112288783B

    公开(公告)日:2021-06-29

    申请号:CN201810961277.9

    申请日:2018-08-22

    IPC分类号: G06T7/32

    摘要: 本发明公开了一种基于图像构建测序模板的方法和装置。所称的图像包括分别对应A、T/U、G和C四种碱基延伸反应时的一个相同视野的第一、第二、第三和第四图像,第一、第二、第三和第四图像分别包括图像M1和M2、图像N1和N2、图像P1和P2、图像Q1和Q2,该构建测序模板的方法包括:组合图像M1、M2、N1、N2、P1、P2、Q1和Q2中的任两图像以进行亮斑匹配,并且使图像M1、N1、N2、P1、P2、Q1和Q2均至少一次参与该组合,获得包含第一重合亮斑的多个组合图像,在组合图像上距离小于第一预定像素的两个或多个亮斑为一个第一重合亮斑;合并多个组合图像上的第一重合亮斑,以获得一个对应测序模板的亮斑集合。该方法能够有效地获取对应核酸模板的亮斑集合。

    成像方法、装置及系统及存储介质

    公开(公告)号:CN112322713A

    公开(公告)日:2021-02-05

    申请号:CN201711354126.9

    申请日:2017-12-15

    摘要: 本发明公开了成像方法,其包括以下步骤:(a)利用对焦模组发射光至置于载台上的样品上;(b)使镜头模组移动到第一设定位置;(c)使镜头模组从第一设定位置以第一设定步长向样品移动并判断对焦模组是否接收到样品反射的光;(d)在对焦模组接收到样品反射的光时,将镜头模组从当前位置移动到第二设定位置,第二设定位置位于第一范围内,第一范围是包括当前位置的、允许镜头模组沿光轴方向移动的一个范围;(e)使镜头模组从第二设定位置以第二设定步长移动,在每步位置利用成像装置对样品进行图像采集,第二设定步长小于第一设定步长;(f)对采集到的图像进行评估,依据获得的图像评估结果,实现对焦。上述成像方法能形成清晰的图像。

    基于图像构建测序模板的方法、装置和计算机程序产品

    公开(公告)号:CN112289381A

    公开(公告)日:2021-01-29

    申请号:CN201810962423.X

    申请日:2018-08-22

    IPC分类号: G16B30/00 G16B5/00

    摘要: 本发明公开了一种基于图像构建测序模板的方法和装置。所称的图像包括分别对应A/U、T、G和C四种类型碱基延伸反应时的一个相同视野的第一、第二、第三和第四图像,第一图像包括M1和M2,第二图像包括N1和N2,第三图像包括P1和P2,第四图像包括Q1和Q2,该方法包括:合并第一图像、第二图像、第三图像和第四图像上的亮斑,记录相同位置上的亮斑的数目,去除数目为1的亮斑,以获得对应测序模板的亮斑集合。该方法对图像上的亮斑直接取并集,能够快速简便地获取完整准确的对应核酸模板的亮斑集合。

    检测图像上的亮斑的方法、装置和计算机程序产品

    公开(公告)号:CN112289377A

    公开(公告)日:2021-01-29

    申请号:CN201810963045.7

    申请日:2018-08-22

    摘要: 本发明公开了一种对图像上的亮斑进行检测的方法、装置和终端。所称图像采集自发生碱基延伸反应的一个视野,发生碱基延伸反应的该视野上存在多个带有光学可检测标记的核酸分子,至少一部分核酸分子在图像上表现为亮斑,该方法包括:预处理所述图像,获得预处理后的图像;确定临界值以简化预处理后的图像,获得简化图像;基于预处理后的图像确定第一亮斑检测阈值c1;基于预处理后的图像和简化图像识别图像上的候选亮斑,包括判定满足a)‑c)中的至少两个条件的像素点矩阵为一个候选亮斑。该方法能够快速有效地实现图像上的亮斑的准确检测,特别是对采集自核酸序列测定反应的图像。

    方法、装置、终端设备、存储介质和测序系统

    公开(公告)号:CN117809743A

    公开(公告)日:2024-04-02

    申请号:CN202311732707.7

    申请日:2023-12-15

    IPC分类号: G16B20/30 G06F11/30

    摘要: 本申请属于文件传输技术领域,尤其涉及一种传输测序数据的方法、装置、终端设备、存储介质和测序系统。方法包括:利用测序系统进行测序运行实现多轮反应以产生测序数据的过程中,在确定已到达测序节点并且测序运行尚未结束,且测序系统和指定的一个或多个服务器处于已连接状态的情况下,启动对至少一部分测序数据至服务器的传输并且启动对该传输过程的监听;在确定测序数据的传输已结束的情况下,结束对相应的传输过程的监听并且任选地断开测序系统和服务器的连接。通过将各个测序节点产生的测序数据传输到服务器,能够高效、及时的完成测序数据的传输。

    成像方法、装置及系统及存储介质

    公开(公告)号:CN112322713B

    公开(公告)日:2022-06-03

    申请号:CN201711354126.9

    申请日:2017-12-15

    摘要: 本发明公开了成像方法,其包括以下步骤:(a)利用对焦模组发射光至置于载台上的样品上;(b)使镜头模组移动到第一设定位置;(c)使镜头模组从第一设定位置以第一设定步长向样品移动并判断对焦模组是否接收到样品反射的光;(d)在对焦模组接收到样品反射的光时,将镜头模组从当前位置移动到第二设定位置,第二设定位置位于第一范围内,第一范围是包括当前位置的、允许镜头模组沿光轴方向移动的一个范围;(e)使镜头模组从第二设定位置以第二设定步长移动,在每步位置利用成像装置对样品进行图像采集,第二设定步长小于第一设定步长;(f)对采集到的图像进行评估,依据获得的图像评估结果,实现对焦。上述成像方法能形成清晰的图像。

    成像方法、装置及系统
    10.
    发明公开

    公开(公告)号:CN112333378A

    公开(公告)日:2021-02-05

    申请号:CN201810814359.0

    申请日:2018-07-23

    IPC分类号: H04N5/232 G02B7/36

    摘要: 本发明公开了一种成像方法和成像系统,成像方法利用成像系统对对象进行成像,成像系统包括镜头,对象包括位于第一预设轨道不同位置的第一对象、第二对象和第三对象,成像方法包括:使镜头和第一预设轨道依据第一预定关系相对运动,以利用成像系统、无需对焦地获得第三对象的清晰图像,第一预定关系通过第一对象的焦面位置和第二对象的焦面位置确定。上述成像方法的成像效率较高,并且在追焦失败的情况下仍能根据第一预定关系实现快速对焦,避免出现脱焦而导致拍摄图像模糊的情况。