公开(公告)号：US20070027637A1

公开(公告)日：2007-02-01

申请号：US11192680

申请日：2005-07-29

申请人： Glenda Delenstarr ,  Jayati Ghosh ,  John Corson

发明人： Glenda Delenstarr ,  Jayati Ghosh ,  John Corson

IPC分类号： G01N31/00 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06F19/20 ,  Y10T436/25

摘要： Systems, methods and computer readable media for characterizing a chemical array. At least one metric indicative of accuracy of location of features on the chemical array by a feature extraction process used to extract signals from features of the chemical array may be generated, as well as additional metrics adapted to identify errors caused by a particular process used in generating the signals on the array. A quality control report may be generated to contain at least one metric indicative of accuracy of location and said at least one additional metric. Customized quality control reports may be generated by providing for user selection of at least one metric adapted to identify errors caused by a particular process used in generating signals on a chemical array, from plurality of metrics, and including such selections in the quality control report generated. Systems, methods and computer readable media are provided for characterizing a chemical array by generating metrics adapted to identify errors caused by a particular process used in generating the signals on the array, generating a quality control report containing at least one of the metrics, and outputting the quality control report.

摘要翻译： 用于表征化学阵列的系统，方法和计算机可读介质。 可以产生指示化学阵列上的特征位置精度的至少一个度量，其特征提取过程用于从化学阵列的特征提取信号，以及适于识别由特定方法使用的特定过程引起的错误的附加度量 在阵列上产生信号。 可以生成质量控制报告以包含指示位置的精确度和所述至少一个附加度量的至少一个度量。 定制的质量控制报告可以通过提供用户选择适于识别由用于从多个度量生成化学阵列上的信号的特定过程引起的错误的至少一个度量，并且在生成的质量控制报告中包括这样的选择 。 提供了系统，方法和计算机可读介质，用于通过产生适于识别由用于产生阵列上的信号的特定过程引起的错误的度量来表征化学阵列，生成包含度量的至少一个的质量控制报告，以及输出 质量控制报告。

公开(公告)号：US20060247867A1

公开(公告)日：2006-11-02

申请号：US11414005

申请日：2006-04-28

申请人： Glenda Delenstarr ,  Peter Webb ,  Charles Troup ,  Jayati Ghosh ,  Christian Le Cocq.

发明人： Glenda Delenstarr ,  Peter Webb ,  Charles Troup ,  Jayati Ghosh ,  Christian Le Cocq.

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G16B50/00 ,  G16B25/00 ,  G16B40/00 ,  G16B45/00

摘要： Systems, methods and computer readable media for extracting data from features on a chemical array, using a feature extraction module including feature extraction algorithms configured to calculate characteristics of array features. A reference table is provided that associates probe names of probes contained on the array with at least one additional identifier. The reference table is accessible by the feature extraction module to convert any one of the at least one additional identifiers to the probe names, and the probe names to at least one of the at least one additional identifiers.

摘要翻译： 使用包括被配置为计算阵列特征的特征的特征提取算法的特征提取模块来从化学阵列上的特征提取数据的系统，方法和计算机可读介质。 提供了一个参考表，将数组中包含的探测器的探测名称与至少一个附加标识符相关联。 所述参考表可由所述特征提取模块访问，以将所述至少一个附加标识符中的任一个转换为所述探测器名称，并将所述探测器名称转换为所述至少一个附加标识符中的至少一个。

公开(公告)号：US20060040287A1

公开(公告)日：2006-02-23

申请号：US11139896

申请日：2005-05-26

申请人： John Corson ,  Charles Troup ,  Eric Leproust ,  Glenda Delenstarr ,  Jayati Ghosh ,  Patrick Collins

发明人： John Corson ,  Charles Troup ,  Eric Leproust ,  Glenda Delenstarr ,  Jayati Ghosh ,  Patrick Collins

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

CPC分类号： G16B40/00 ,  G16B25/00

摘要： A method and system for quantify random errors, sequence-dependent trends, and spatial-intensity trends in one or more channels of microarray data sets. The method and system of one embodiment of the present invention is directed to a method for quantifying random errors, sequence-dependent trends, and spatial-intensity trends present in microarray data sets. An additive error equation is employed to quantify background noise present in feature intensities due to random errors, sequence-dependent trends, and spatial-intensity trends.

摘要翻译： 用于量化微阵列数据集的一个或多个通道中随机误差，序列相关趋势和空间强度趋势的方法和系统。 本发明的一个实施例的方法和系统涉及用于量化微阵列数据集中存在的随机误差，序列相关趋势和空间强度趋势的方法。 采用加法误差方程来量化由于随机误差，序列依赖性趋势和空间强度趋势引起的特征强度中存在的背景噪声。

公开(公告)号：US06835938B2

公开(公告)日：2004-12-28

申请号：US10210855

申请日：2002-07-31

申请人： Jayati Ghosh ,  John F. Corson ,  Debra A. Sillman

发明人： Jayati Ghosh ,  John F. Corson ,  Debra A. Sillman

IPC分类号： G01N2164

CPC分类号： G01N21/6452 ,  G01N21/274 ,  G01N21/276 ,  G02B21/241 ,  G02B21/244

摘要： A method and system for determining a biopolymer array substrate thickness dependent optimal focus distance for scanning a molecular array by a molecular array scanner are disclosed. Also disclosed are methods of determining the thickness of a biopolymer array substrate using a position sensitive device (PSD) component of a biopolymer array scanner. Further methods include determining the thickness of said biopolymeric array and automatically selecting an optimal focus distance using the determined thickness and a calibration function on thickness versus optimal focus distance. The subject invention finds use in a variety of different applications, including both genomic and proteomic applications.

摘要翻译： 公开了一种用于通过分子阵列扫描器确定用于扫描分子阵列的生物聚合物阵列基底厚度相关最佳聚焦距离的方法和系统。 还公开了使用生物聚合物阵列扫描仪的位置敏感装置（PSD）组分确定生物聚合物阵列基底的厚度的方法。 其他方法包括确定所述生物聚合物阵列的厚度并使用所确定的厚度和厚度与最佳聚焦距离之间的校准函数自动选择最佳聚焦距离。 本发明可用于各种不同的应用，包括基因组和蛋白质组学应用。

公开(公告)号：US20100332953A1

公开(公告)日：2010-12-30

申请号：US12492487

申请日：2009-06-26

申请人： Peter G. Webb ,  Jayati Ghosh ,  Bo Curry

发明人： Peter G. Webb ,  Jayati Ghosh ,  Bo Curry

IPC分类号： H03M13/09

CPC分类号： G06F11/3055 ,  G06F11/0736 ,  G06F11/0748 ,  G06F11/076 ,  G06F11/3013 ,  G06F11/3058

摘要： Methods, systems and computer readable media for controlling an instrument in communication with a host computer are provided. Operations of an instrument that must be completed on schedule are controlled via an embedded controller embedded in the instrument. A complete status packet is sent to a host computer from the embedded controller Periodically, the embedded controller repeats the sending of a complete status packet to the host computer, wherein status values in the complete status packet are updated with each iteration of sending a complete status packet.

摘要翻译： 提供了用于控制与主计算机通信的仪器的方法，系统和计算机可读介质。 必须按计划完成的仪器的操作通过嵌入仪器中的嵌入式控制器进行控制。 完整的状态包从嵌入式控制器发送到主计算机周期性地，嵌入式控制器重复向主计算机发送完整的状态包，其中在完成状态包中的状态值被更新，每次迭代发送完整状态 包。

公开(公告)号：US07822559B2

公开(公告)日：2010-10-26

申请号：US12231517

申请日：2008-09-02

申请人： John Frederick Corson ,  Jayati Ghosh ,  Svetlana Shchegrova

发明人： John Frederick Corson ,  Jayati Ghosh ,  Svetlana Shchegrova

IPC分类号： G06F19/00 ,  G01N33/50

CPC分类号： G06F19/20

摘要： Methods, systems and computer readable media for removing trends in signal intensity values from features on a chemical array. Inputted signal values from features on the array are surface fitted to calculate a surface approximation. The surface approximation is normalized and used to de-trend the signal intensity values from the features.

摘要翻译： 用于从化学阵列上的特征消除信号强度值趋势的方法，系统和计算机可读介质。 来自阵列中特征的输入信号值进行表面拟合，以计算表面近似值。 表面近似被归一化并用于从特征中消除信号强度值。

公开(公告)号：US07660675B2

公开(公告)日：2010-02-09

申请号：US11492472

申请日：2006-07-24

申请人： Jayati Ghosh ,  Amir Ben-dor ,  Anya Tsalenko ,  Bo Curry

发明人： Jayati Ghosh ,  Amir Ben-dor ,  Anya Tsalenko ,  Bo Curry

IPC分类号： G06F19/00 ,  C12Q1/68

CPC分类号： G06F19/20 ,  G06F19/24 ,  G06F19/26

摘要： Embodiments of the present invention include methods and systems for analysis of comparative genomic hybridization (“CGH”) data, including CGH data obtained from microarray experiments.

摘要翻译： 本发明的实施方案包括用于分析比较基因组杂交（“CGH”）数据的方法和系统，包括从微阵列实验获得的CGH数据。

公开(公告)号：US20070031883A1

公开(公告)日：2007-02-08

申请号：US11545962

申请日：2006-10-10

申请人： Robert Kincaid ,  Jayati Ghosh ,  Bo Curry

发明人： Robert Kincaid ,  Jayati Ghosh ,  Bo Curry

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

CPC分类号： G16B25/00 ,  G16B40/00

摘要： Methods, systems and computer readable media for calling out genetic aberrations. Log ratio noise associated with log ratio signals read from respective probes on at least one array for signals representative of the same chromosomal locations in a test sample of nucleic acids and a reference sample of nucleic acids applied to the at least one array are estimated. Outliers for log ratio values from the reference sample to outliers for log ratio values from the test sample are compared. A copy number of one or more of the chromosomal locations in the test sample is outputted relative to the reference sample for viewing by a user.

摘要翻译： 用于呼出遗传畸变的方法，系统和计算机可读介质。 估计与在至少一个阵列上从相应探针读取的对数比率信号相关联的对数比噪声，所述信号表示核酸的测试样品和应用于至少一个阵列的核酸的参考样品中的相同染色体位置的信号。 比较从参考样本到测试样本对数比值的异常值的对数比值的异常值。 测试样品中的一个或多个染色体位置的拷贝数相对于参考样品被输出以供用户观看。

公开(公告)号：US07067783B2

公开(公告)日：2006-06-27

申请号：US10261359

申请日：2002-09-30

申请人： Bo U. Curry ,  Andreas N. Dorsel ,  Jayati Ghosh ,  Kenneth L. Staton

发明人： Bo U. Curry ,  Andreas N. Dorsel ,  Jayati Ghosh ,  Kenneth L. Staton

IPC分类号： G02B7/04

CPC分类号： G02B7/36 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6452 ,  G01N21/6456 ,  G01N2021/6419 ,  G01N2021/6421

摘要： Automated methods and systems for determining an in-focus-distance for a position on the surface of a molecular array substrate using a molecular array scanner are provided. A signal from a first position of an array substrate is detected and noise is filtered out of the detected signal using a symmetrical filter to produce an in-focus-distance. In one embodiment, the in-focus-distance is utilized as an estimated in-focus-distance at a second position of the array substrate. The method finds use in maintaining the focus of a light source while scanning the array by the scanner. Also provided are methods of assaying a sample using the methods and systems of the invention, and kits for performing the invention. The subject invention finds use in a variety of different applications, including both genomics and proteomics applications.

摘要翻译： 提供了使用分子阵列扫描仪来确定分子阵列衬底表面上的位置的对焦距离的自动化方法和系统。 检测来自阵列基板的第一位置的信号，并使用对称滤波器将噪声从检测信号中滤出，以产生对焦距离。 在一个实施例中，将聚焦距离用作阵列基板的第二位置处的估计的对焦距离。 该方法用于在扫描仪扫描阵列时保持光源的焦点。 还提供了使用本发明的方法和系统测定样品的方法以及用于实施本发明的试剂盒。 本发明可用于各种不同的应用，包括基因组学和蛋白质组学应用。

公开(公告)号：US20050153349A1

公开(公告)日：2005-07-14

申请号：US11022302

申请日：2004-12-23

申请人： Jayati Ghosh ,  John Corson ,  Debra Sillman

发明人： Jayati Ghosh ,  John Corson ,  Debra Sillman

IPC分类号： G01N21/27 ,  G01N21/64 ,  G02B21/24 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： G01N21/6452 ,  G01N21/274 ,  G01N21/276 ,  G02B21/241 ,  G02B21/244

摘要： A method and system for determining a biopolymer array substrate thickness dependent optimal focus distance for scanning a molecular array by a molecular array scanner are provided. A reference substrate is automatically scanned at successively greater distances of the stage from a light gathering medium, such as an optical fiber, or z-positions, to produce data providing a functional relationship between z-position and measured signal intensities. The data is then processed by an array substrate thickness dependent focus-finding routine that selects an optimal focus-distance for data scans which is optimized for the thickness of the reference substrate. Also provided are methods of determining the thickness of a biopolymer array substrate using a position sensitive device (PSD) component of a biopolymer array scanner. Further methods include determining the thickness of said biopolymeric array and automatically selecting an optimal focus distance using the determined thickness and a calibration function on thickness versus optimal focus distance. The subject invention finds use in a variety of different applications, including both genomic and proteomic applications.

摘要翻译： 提供了一种用于通过分子阵列扫描器来确定用于扫描分子阵列的生物聚合物阵列基底厚度相关的最佳聚焦距离的方法和系统。 参考基板在从阶段的连续更远的距离处自动扫描，例如光纤或z位置，以产生提供z位置和测量信号强度之间的功能关系的数据。 然后通过阵列基板厚度相关的聚焦寻找程序来处理数据，该程序为针对参考基板的厚度优化的数据扫描选择最佳聚焦距离。 还提供了使用生物聚合物阵列扫描仪的位置敏感装置（PSD）组分确定生物聚合物阵列基底的厚度的方法。 其他方法包括确定所述生物聚合物阵列的厚度并使用所确定的厚度和厚度与最佳聚焦距离之间的校准函数自动选择最佳聚焦距离。 本发明可用于各种不同的应用，包括基因组和蛋白质组学应用。