公开(公告)号：US5492737A

公开(公告)日：1996-02-20

申请号：US244573

申请日：1994-08-01

申请人： Christopher Dobson ,  Adrian Kiermasz ,  Knut Beekmann ,  Christine Shearer ,  Edmond Ling ,  Alan Winn ,  Rob Wilby

发明人： Christopher Dobson ,  Adrian Kiermasz ,  Knut Beekmann ,  Christine Shearer ,  Edmond Ling ,  Alan Winn ,  Rob Wilby

IPC分类号： C23C16/50 ,  C23C16/505 ,  C23C16/509 ,  C23C16/52 ,  H01J37/32 ,  C23C14/26

CPC分类号： H01J37/32082 ,  C23C16/5096 ,  C23C16/52 ,  H01J37/32174 ,  H01J37/3299 ,  H01J2237/3328

摘要： A reactor 10 defines a chamber 11 in which are disposed an upper electrode 12 and a lower workpiece electrode 13. The upper electrode is connected to a R.F. supply whilst the lower electrode is connected to a stress control unit 14. The stress control unit is used to adjust or maintain the effective resistance of the connection between the workpiece electrode 13 and ground.

摘要翻译： PCT No.PCT / GB92 / 02238 Sec。 371日期1994年8月1日 102（e）日期1994年8月1日PCT 1992年12月2日PCT PCT。 出版物WO93 / 11276 日期：1993年6月10日。反应器10限定了一个室11，其中设置有上电极12和下工件电极13.上电极连接到R.F. 供电，而下电极连接到应力控制单元14.应力控制单元用于调节或保持工件电极13和地之间的连接的有效电阻。

公开(公告)号：US08775094B2

公开(公告)日：2014-07-08

申请号：US12745186

申请日：2008-11-13

申请人： Michele Vendruscolo ,  Christopher Dobson ,  Gian Gaetano Tartaglia ,  Sebastian Pechmann

发明人： Michele Vendruscolo ,  Christopher Dobson ,  Gian Gaetano Tartaglia ,  Sebastian Pechmann

IPC分类号： G06F19/16 ,  G06F19/22 ,  G06F19/00 ,  G01N33/50

摘要： We describe methods for identifying aggregation-prone regions in structured—that is folded—proteins. Embodiments of the method use a local propensity for aggregation (Ai) at an amino acid position, this being determined by a combination of a hydrophobicity value, an α-helix propensity value, a β-sheet propensity value, a charge value and a pattern value for the amino acid position. This is combined with local structural stability values for the amino acid positions to identify one or more regions in the amino acid sequence which, in the folded protein, are predicted to promote aggregation.

公开(公告)号：US20080262742A1

公开(公告)日：2008-10-23

申请号：US12061489

申请日：2008-04-02

申请人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

发明人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

IPC分类号： G01N33/68

CPC分类号： G06F19/16 ,  G01N33/6803 ,  G06F19/18

摘要： A prediction method for predicting the effect of an amino acid modification on the rate of aggregation (solubility) of a reference polypeptide comprising: calculating the difference in hydrophobicity (ΔHydr) between the reference polypeptide and a modified polypeptide, calculating the difference in β-sheet propensity (ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil) between the reference polypeptide and modified polypeptide, calculating the difference in charge (Δ Charge) between the reference polypeptide and modified polypeptide, and calculating: [x*ΔHydr]+[y*(ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil)]−[z*Δ Charge], wherein x, y and z are scaling factors.

摘要翻译： 用于预测氨基酸修饰对参考多肽的聚集（溶解度）的影响的预测方法，包括：计算参考多肽和修饰的多肽之间的疏水性差异（DeltaHydr），计算β-折叠 参考多肽和经修饰的多肽之间的倾向（DeltaDeltaG线圈α1+ΔDeltaGβ-线圈），计算参考多肽和修饰的多肽之间的电荷差异（Delta Charge） ，并且计算：[x * DeltaHydr] + [y *（DeltaDeltaG线圈-α+ΔDeltaGβ-线圈）] - [z * Delta Charge]，其中x， y和z是缩放因子。

公开(公告)号：US20060025977A1

公开(公告)日：2006-02-02

申请号：US11184548

申请日：2005-07-19

申请人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

发明人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

IPC分类号： G06G7/48 ,  G06G7/58

CPC分类号： G06F19/16 ,  G01N33/6803 ,  G06F19/18

摘要： A prediction method for predicting the effect of an amino acid modification on the rate of aggregation (solubility) of a reference polypeptide comprising: calculating the difference in hydrophobicity (ΔHydr) between the reference polypeptide and a modified polypeptide, calculating the difference in β-sheet propensity (ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil) between the reference polypeptide and modified polypeptide, calculating the difference in charge (Δ Charge) between the reference polypeptide and modified polypeptide, and calculating: [x*ΔHydr]+[y*(ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil)]−[z*Δ Charge], wherein x, y and z are scaling factors.

摘要翻译： 用于预测氨基酸修饰对参考多肽的聚集（溶解度）的影响的预测方法，包括：计算参考多肽和修饰的多肽之间的疏水性差异（DeltaHydr），计算β-折叠 参考多肽和经修饰的多肽之间的倾向（DeltaDeltaG线圈α1+ΔDeltaGβ-线圈），计算参考多肽和修饰的多肽之间的电荷差异（Delta Charge） ，并且计算：[x * DeltaHydr] + [y *（DeltaDeltaG线圈-α+ΔDeltaGβ-线圈）] - [z * Delta Charge]，其中x， y和z是缩放因子。

公开(公告)号：US07379824B2

公开(公告)日：2008-05-27

申请号：US11184548

申请日：2005-07-19

申请人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

发明人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

IPC分类号： G06F17/11 ,  G06F17/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06F19/16 ,  G01N33/6803 ,  G06F19/18

摘要： A prediction method for predicting the effect of an amino acid modification on the rate of aggregation (solubility) of a reference polypeptide comprising: calculating the difference in hydrophobicity (ΔHydr) between the reference polypeptide and a modified polypeptide, calculating the difference in β-sheet propensity (ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil) between the reference polypeptide and modified polypeptide, calculating the difference in charge (Δ Charge) between the reference polypeptide and modified polypeptide, and calculating: [x*ΔHydr]+[y*(ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil)]−[z*Δ Charge], wherein x, y and z are scaling factors.

摘要翻译： 用于预测氨基酸修饰对参考多肽的聚集（溶解度）的影响的预测方法，包括：计算参考多肽和修饰的多肽之间的疏水性差异（DeltaHydr），计算β-折叠 参考多肽和经修饰的多肽之间的倾向（DeltaDeltaG线圈α1+ΔDeltaGβ-线圈），计算参考多肽和修饰的多肽之间的电荷差异（Delta Charge） ，并且计算：[x * DeltaHydr] + [y *（DeltaDeltaG线圈-α+ΔDeltaGβ-线圈）] - [z * Delta Charge]，其中x， y和z是缩放因子。

公开(公告)号：US20060128606A1

公开(公告)日：2006-06-15

申请号：US11336530

申请日：2006-01-20

申请人： Christopher Dobson

发明人： Christopher Dobson

IPC分类号： A61K38/17 ,  C07K14/47

CPC分类号： C12N9/1205 ,  A61K38/00 ,  C07K1/1136 ,  C07K14/32 ,  C12N9/14 ,  C12N9/48

摘要： An amyloid fibril substantially free of other protein is disclosed. Also disclosed are processes for preparing the fibril, and methods and uses of the fibril particularly in connection with treating diabetes, blood clotting disorders, cancer and/or heart disease.

摘要翻译： 公开了基本上不含其它蛋白质的淀粉样蛋白原纤维。 还公开了制备原纤维的方法，以及原纤维的方法和用途，特别是与治疗糖尿病，凝血障碍，癌症和/或心脏病有关的方法和用途。

公开(公告)号：US08155888B2

公开(公告)日：2012-04-10

申请号：US12719631

申请日：2010-03-08

申请人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo ,  Kateri Hayashi DuBay ,  Michele Vendruscolo

发明人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo ,  Kateri Hayashi DuBay ,  Michele Vendruscolo

IPC分类号： G06F17/11 ,  G06F17/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： G01N33/6818 ,  G06F19/16

摘要： A method of determining aggregation rate data predicting an aggregation rate of a polypeptide defined by an amino acid sequence, the method comprising determining a hydrophobicity value, a charge value, and at least one shape propensity value for said sequence; identifying one or more aggregation-influencing patterns within said sequence; determining a pattern value for the sequence responsive to said identifying; and determining said aggregation rate data by determining a weighted combination of said hydrophobicity value, said charge value, said at least one shape propensity value, said pattern value and at least one factor extrinsic to said amino acid sequence.

摘要翻译： 一种确定聚集速率数据的方法，其预测由氨基酸序列定义的多肽的聚集速率，所述方法包括确定所述序列的疏水性值，电荷值和至少一种形状倾向度值; 识别所述序列内的一个或多个聚集影响模式; 响应于所述识别确定序列的模式值; 以及通过确定所述疏水性值，所述电荷值，所述至少一种形状倾向值，所述模式值和所述氨基酸序列的外在因素的至少一个因子的加权组合来确定所述聚集率数据。

公开(公告)号：US20080183455A1

公开(公告)日：2008-07-31

申请号：US12098030

申请日：2008-04-04

申请人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

发明人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

IPC分类号： G06G7/58

CPC分类号： G06F19/16 ,  G01N33/6803 ,  G06F19/18

摘要： A prediction method for predicting the effect of an amino acid modification on the rate of aggregation (solubility) of a reference polypeptide comprising: calculating the difference in hydrophobicity (ΔHydr) between the reference polypeptide and a modified polypeptide, calculating the difference in β-sheet propensity (ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil) between the reference polypeptide and modified polypeptide, calculating the difference in charge (ΔCharge) between the reference polypeptide and modified polypeptide, and calculating: [x*ΔHydr]+[y*(ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil)]−[z*ΔCharge], wherein x, y and z are scaling factors.

摘要翻译： 用于预测氨基酸修饰对参考多肽的聚集（溶解度）的影响的预测方法，包括：计算参考多肽和修饰的多肽之间的疏水性差异（DeltaHydr），计算β-折叠 参考多肽和经修饰的多肽之间的倾向（DeltaDeltaG线圈α1ΔΔDeltaGβ-线圈），计算参考多肽和修饰的多肽之间的电荷差异（DeltaCharge） 并且计算：[x * DeltaHydr] + [y *（DeltaDeltaG线圈α1+ΔDeltaGβ-线圈）] - [z * DeltaCharge]，其中x，y和 z是缩放因子。

公开(公告)号：US08849578B2

公开(公告)日：2014-09-30

申请号：US12061489

申请日：2008-04-02

申请人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

发明人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

IPC分类号： G06F19/00 ,  G06F17/11 ,  G06F19/16 ,  G06F19/18

CPC分类号： G06F19/16 ,  G01N33/6803 ,  G06F19/18

摘要： A prediction method for predicting the effect of an amino acid modification on the rate of aggregation (solubility) of a reference polypeptide comprising: calculating the difference in hydrophobicity (ΔHydr) between the reference polypeptide and a modified polypeptide, calculating the difference in β-sheet propensity (ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil) between the reference polypeptide and modified polypeptide, calculating the difference in charge (Δ Charge) between the reference polypeptide and modified polypeptide, and calculating: [x* ΔHydr]+[y*(ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil)]−[z*Δ Charge], wherein x, y and z are scaling factors.

摘要翻译： 用于预测氨基酸修饰对参考多肽的聚集（溶解度）的影响的预测方法，包括：计算参考多肽和修饰的多肽之间的疏水性差异（＆Dgr; Hydr），计算＆bgr的差异 参考多肽和经修饰的多肽之间的表格倾向（＆Dgr;＆Dgr; Gcoil-α+＆Dgr;＆Dgr; G＆bgr。-coil），计算参考多肽和修饰多肽之间的电荷差异（＆Dgr; Charge） ：[x *＆Dgr; Hydr] + [y *（＆Dgr;＆Dgr; Gcoil-α+＆Dgr;＆Dgr; G＆bgr。-coil）] - [z *＆Dgr; 充电]，其中x，y和z是缩放因子。

公开(公告)号：US07930157B2

公开(公告)日：2011-04-19

申请号：US12098030

申请日：2008-04-04

申请人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

发明人： Christopher Dobson ,  Fabrizio Chiti ,  Jesus Zurdo

IPC分类号： G06F17/11 ,  G06F17/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06F19/16 ,  G01N33/6803 ,  G06F19/18

摘要： A prediction method for predicting the effect of an amino acid modification on the rate of aggregation (solubility) of a reference polypeptide comprising: calculating the difference in hydrophobicity (ΔHydr) between the reference polypeptide and a modified polypeptide, calculating the difference in β-sheet propensity (ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil) between the reference polypeptide and modified polypeptide, calculating the difference in charge (Δ Charge) between the reference polypeptide and modified polypeptide, and calculating: [x*ΔHydr]+[y*(ΔΔGcoil-α+ΔΔGβ-coil)]−[z*ΔCharge], wherein x, y and z are scaling factors.

摘要翻译： 用于预测氨基酸修饰对参考多肽的聚集（溶解度）的影响的预测方法，包括：计算参考多肽和修饰的多肽之间的疏水性差异（＆Dgr; Hydr），计算＆bgr的差异 参考多肽和经修饰的多肽之间的表格倾向（＆Dgr;＆Dgr; Gcoil-α+＆Dgr;＆Dgr; G＆bgr。-coil），计算参考多肽和修饰多肽之间的电荷差异（＆Dgr; Charge） ：[x *＆Dgr; Hydr] + [y *（＆Dgr;＆Dgr; Gcoil-α+＆Dgr;＆Dgr; G＆bgr; -coil）] - [z *＆Dgr; Charge]，其中x，y和z是比例因子。