公开(公告)号：US20140106977A1

公开(公告)日：2014-04-17

申请号：US13909400

申请日：2013-06-04

申请人： Feng GAO ,  Chunfu Yang ,  Fangping Cai ,  Guoqing Zhang

发明人： Feng GAO ,  Chunfu Yang ,  Fangping Cai ,  Guoqing Zhang

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/703 ,  C12Q2535/125 ,  C12Q2535/131 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2563/149

摘要： Methods and compositions for simultaneous detection of polymorphisms at multiple loci in a target nucleic acid.

摘要翻译： 用于同时检测靶核酸中多个位点多态性的方法和组合物。

公开(公告)号：US20140106340A1

公开(公告)日：2014-04-17

申请号：US14125564

申请日：2012-07-05

申请人： Chunfu Yang ,  Zhiyong Zhou ,  Nicholas Wagar ,  Joshua R. DeVos

发明人： Chunfu Yang ,  Zhiyong Zhou ,  Nicholas Wagar ,  Joshua R. DeVos

IPC分类号： C12Q1/70

CPC分类号： C12Q1/703 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156

摘要： Provided herein are new methods, primers, and kits for genotyping HIV-1, including group M viral strains. The methods can be used for HIV-1 drug resistance surveillance and monitoring, for example in resource-poor countries. The disclosed methods can detected more mixed HIV-1 population than previous methods. Given the high efficiency in genotyping diverse HIV-1 group M viral strains from plasma and dried blood spot (DBS) samples and substantial reagent cost saving, the disclosed methods can be used for HIV-1 drug resistance genotyping in both antiretroviral therapy (ART)-naive and -experienced populations for surveillance purposes and patient monitoring.

摘要翻译： 本文提供了用于基因分型HIV-1（包括M组病毒株）的新方法，引物和试剂盒。 这些方法可用于HIV-1耐药性监测和监测，例如资源贫乏国家。 所公开的方法可以检测到比以前的方法更多的混合的HIV-1群体。 鉴于来自血浆和干血斑（DBS）样品的多种HIV-1组M病毒株的基因分型的高效率和显着的试剂成本节省，所公开的方法可用于抗逆转录病毒治疗（ART）中的HIV-1耐药性基因分型 - 有经验和经验的人群进行监视和患者监测。

公开(公告)号：US08575324B2

公开(公告)日：2013-11-05

申请号：US11645988

申请日：2006-12-27

申请人： Renu B. Lal ,  Danuta Pieniazek ,  Chunfu Yang

发明人： Renu B. Lal ,  Danuta Pieniazek ,  Chunfu Yang

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/04 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/70

CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/703 ,  C12Q2549/119

摘要： Reagents and assays for detecting HIV-1 groups M and O and optionally HIV-1 group N and SIVcpz are provided. The reagents are nucleic acid primers for the hybridization to, amplification and subsequent detection of HIV-1 groups M, N and O and SIVcpz in a biological sample. The primers are oligonucleotides that selectively hybridize to the highly conserved regions of the env and pol regions of HIV-1. Due to the high sensitivity of the assays, small concentrations of HIV in a biological sample can be detected, allowing diagnosis at an early stage of infection. The assays are qualitative or quantitative and are useful for viral load determinations of HIV-1 groups M, N or O in a patient undergoing treatment for HIV-1 infection. Viral load determinations can be used to monitor the progress of the treatment regimen, the development of drug resistance, and to predict disease progression.

摘要翻译： 提供了用于检测HIV-1组M和O以及任选的HIV-1组N和SIVcpz的试剂和测定法。 试剂是用于杂交，扩增和随后检测生物样品中HIV-1组M，N和O和SIVcpz的核酸引物。 引物是与HIV-1的env和pol区域的高度保守区域选择性杂交的寡核苷酸。 由于测定的高灵敏度，可以检测生物样品中的小浓度的HIV，从而允许在感染早期进行诊断。 测定是定性的或定量的，并且可用于经历HIV-1感染治疗的患者中HIV-1组M，N或O的病毒载量测定。 病毒载量测定可用于监测治疗方案的进展，耐药性的发展以及预测疾病进展。

公开(公告)号：US20070275372A1

公开(公告)日：2007-11-29

申请号：US11645988

申请日：2006-12-27

申请人： Renu Lal ,  Danuta Pieniazek ,  Chunfu Yang

发明人： Renu Lal ,  Danuta Pieniazek ,  Chunfu Yang

IPC分类号： C12Q1/70 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/703 ,  C12Q2549/119

摘要： Reagents and assays for detecting HIV-1 groups M and O and optionally HIV-1 group N and SIVcpz are provided. The reagents are nucleic acid primers for the hybridization to, amplification and subsequent detection of HIV-1 groups M, N and O and SIVcpz in a biological sample. The primers are oligonucleotides that selectively hybridize to the highly conserved regions of the env and pol regions of HIV-1. The assays employ the primers for HIV-1 nucleic acid amplification using amplification techniques such as reverse transcription and the polymerase chain reaction. The assays are useful for diagnosing an HIV-1 group M, HIV-1 group N, or an HIV-1 group O infection in a patient. Due to the high sensitivity of the assays, small concentrations of HIV in a biological sample can be detected, thereby allowing diagnosis at an early stage of infection. The assays are also useful for detecting HIV-1 contamination in a biological fluid such as blood. The assays are qualitative or quantitative and are therefore useful for viral load determinations of HIV-1 groups M, N or O in a patient undergoing treatment for HIV-1 infection. Viral load determinations can be used to monitor the progress of the treatment regimen or the development of drug resistance and can be used to predict disease progression.

摘要翻译： 提供了用于检测HIV-1组M和O以及任选的HIV-1组N和SIVcpz的试剂和测定法。 试剂是用于杂交，扩增和随后检测生物样品中HIV-1组M，N和O和SIVcpz的核酸引物。 引物是与HIV-1的env和pol区域的高度保守区域选择性杂交的寡核苷酸。 该测定使用扩增技术如逆转录和聚合酶链反应的HIV-1核酸扩增引物。 该测定法可用于诊断患者中HIV-1组M，HIV-1组N或HIV-1组O感染。 由于测定的高灵敏度，可以检测生物样品中的小浓度的HIV，从而允许在感染早期进行诊断。 该测定法也可用于检测生物流体如血液中的HIV-1污染。 测定是定性的或定量的，因此可用于在接受HIV-1感染治疗的患者中HIV-1组M，N或O的病毒载量测定。 病毒载量测定可用于监测治疗方案的进展或耐药性的发展，并可用于预测疾病进展。

公开(公告)号：US09040244B2

公开(公告)日：2015-05-26

申请号：US14125564

申请日：2012-07-05

申请人： Chunfu Yang ,  Zhiyong Zhou ,  Nicholas Wagar ,  Joshua R. DeVos

发明人： Chunfu Yang ,  Zhiyong Zhou ,  Nicholas Wagar ,  Joshua R. DeVos

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/70

CPC分类号： C12Q1/703 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156

摘要： Provided herein are new methods, primers, and kits for genotyping HIV-1, including group M viral strains. The methods can be used for HIV-1 drug resistance surveillance and monitoring, for example in resource-poor countries. The disclosed methods can detected more mixed HIV-1 population than previous methods. Given the high efficiency in genotyping diverse HIV-1 group M viral strains from plasma and dried blood spot (DBS) samples and substantial reagent cost saving, the disclosed methods can be used for HIV-1 drug resistance genotyping in both antiretroviral therapy (ART)-naive and -experienced populations for surveillance purposes and patient monitoring.

摘要翻译： 本文提供了用于基因分型HIV-1（包括M组病毒株）的新方法，引物和试剂盒。 这些方法可用于HIV-1耐药性监测和监测，例如资源贫乏国家。 所公开的方法可以检测到比以前的方法更多的混合的HIV-1群体。 鉴于来自血浆和干血斑（DBS）样品的多种HIV-1组M病毒株的基因分型的高效率和显着的试剂成本节省，所公开的方法可用于抗逆转录病毒治疗（ART）中的HIV-1耐药性基因分型 - 有经验和经验的人群进行监视和患者监测。

公开(公告)号：US20050142540A1

公开(公告)日：2005-06-30

申请号：US10980660

申请日：2004-11-03

申请人： Renu Lal ,  Danuta Pieniazek ,  Chunfu Yang

发明人： Renu Lal ,  Danuta Pieniazek ,  Chunfu Yang

IPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/70 ,  C12Q1/68 ,  C07H21/02

CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q1/703 ,  C12Q2549/119

摘要： Reagents and assays for detecting HIV-1 groups M and O and optionally HIV-1 group N and SIVcpz are provided. The reagents are nucleic acid primers for the hybridization to, amplification and subsequent detection of HIV-1 groups M, N and O and SIVcpz in a biological sample. The primers are oligonucleotides that selectively hybridize to the highly conserved regions of the env and pol regions of HIV-1. The assays employ the primers for HIV-1 nucleic acid amplification using amplification techniques such as reverse transcription and the polymerase chain reaction. The assays are useful for diagnosing an HIV-1 group M, HIV-1 group N, or an HIV-1 group O infection in a patient. Due to the high sensitivity of the assays, small concentrations of HIV in a biological sample can be detected, thereby allowing diagnosis at an early stage of infection. The assays are also useful for detecting HIV-1 contamination in a biological fluid such as blood. The assays are qualitative or quantitative and are therefore useful for viral load determinations of HIV-1 groups M, N or O in a patient undergoing treatment for HIV-1 infection. Viral load determinations can be used to monitor the progress of the treatment regimen or the development of drug resistance and can be used to predict disease progression.

摘要翻译： 提供了用于检测HIV-1组M和O以及任选的HIV-1组N和SIVcpz的试剂和测定法。 试剂是用于杂交，扩增和随后检测生物样品中HIV-1组M，N和O和SIVcpz的核酸引物。 引物是与HIV-1的env和pol区域的高度保守区域选择性杂交的寡核苷酸。 该测定使用扩增技术如逆转录和聚合酶链反应的HIV-1核酸扩增引物。 该测定法可用于诊断患者中HIV-1组M，HIV-1组N或HIV-1组O感染。 由于测定的高灵敏度，可以检测生物样品中的小浓度的HIV，从而允许在感染早期进行诊断。 该测定法也可用于检测生物流体如血液中的HIV-1污染。 测定是定性的或定量的，因此可用于HIV-1感染治疗的患者中HIV-1组M，N或O的病毒载量测定。 病毒载量测定可用于监测治疗方案的进展或耐药性的发展，并可用于预测疾病进展。