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    A METHOD FOR DETERMINING IN SILICO- A SET OF SELECTED TARGET EPITOPES
    2.
    发明申请
    A METHOD FOR DETERMINING IN SILICO- A SET OF SELECTED TARGET EPITOPES 审中-公开
    一种确定SILICO-一组选定目标外延片的方法

    公开(公告)号：WO2010094300A1

    公开(公告)日：2010-08-26

    申请号：PCT/EP2009/001230

    申请日：2009-02-20

    Applicant: NMI NATURWISSENSCHAFTLICHES UND MEDIZINISCHES INSTITUT AN DER UNIVERSITÄT TÜBINGEN ,  JOOS, Thomas ,  TEMPLIN, Markus ,  STOLL, Dieter ,  POETZ, Oliver ,  ZELL, Andreas ,  PLANATSCHER, Hannes ,  SUPPER, Jochen

    Inventor： JOOS, Thomas ,  TEMPLIN, Markus ,  STOLL, Dieter ,  POETZ, Oliver ,  ZELL, Andreas ,  PLANATSCHER, Hannes ,  SUPPER, Jochen

    IPC: G06F19/00

    CPC classification number: G06F19/18

    Abstract: A method for determining in silico a set of selected target epitopes suited for the detection of at least one protein of a set of proteins of interest within a pool of sample proteins, comprises the steps of: providing a first list containing the sequences of said sample proteins; providing a second list containing the sequences of said proteins of interest; applying an in silico fragmentation to the sample proteins in said first list to generate a third list containing sequences of possible target peptides having possible target epitopes at their free N- and C-terminal ends, which possible target epitopes each consisting of three to five N- or C-terminal amino acids; generating a fourth list of sequences of valid target peptides by removing from said third list such possible target peptides that are less suited for said protein of interest identification; selecting from said possible target epitopes on said valid target peptides in said fourth list a set of selected target epitopes, said set of selected target epitopes containing at least one target epitope for each protein of interest in said second list, while at the same time containing an as small as possible number of target epitopes.

    Abstract translation: 一种用于在计算机中测定一组适合于检测样品蛋白质库中的一组感兴趣的蛋白质的至少一种蛋白质的选定靶标表位的方法，包括以下步骤：提供包含所述样品序列的第一列表 蛋白质; 提供含有所述目的蛋白质序列的第二个列表; 对所述第一列表中的样品蛋白应用计算机碎裂以产生含有其游离N-和C-末端具有可能靶标表位的可能靶肽序列的第三列表，其可能的靶标表位各自包含三至五个N - 或C-末端氨基酸; 通过从所述第三列表中移除不太适合于所述兴趣蛋白质鉴定的可能的靶肽，产生有效靶肽序列的第四列表; 从所述第四列表中的所述有效靶肽上的所述可能靶标表位选择一组所选择的靶标表位，所述选定靶标表位集合在所述第二列表中含有每种感兴趣的蛋白质的至少一个靶表位，同时含有 尽可能少的靶标表位。

    METHOD FOR THE RELATIVE DETERMINATION OF PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES
    4.
    发明申请
    METHOD FOR THE RELATIVE DETERMINATION OF PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES 审中-公开
    相对测定物理化学性质的方法

    公开(公告)号：WO2002086494A2

    公开(公告)日：2002-10-31

    申请号：PCT/EP2002/004281

    申请日：2002-04-18

    Applicant: NMI NATURWISSENSCHAFTLICHES UND MEDIZINISCHES INSTITUT AN DER UNIVERSITÄT TÜBINGEN ,  JOOS, Thomas ,  STOLL, Dieter ,  TEMPLIN, Markus ,  VIRNEKÄS, Bernhard ,  OSTENDORP, Ralf

    Inventor： JOOS, Thomas ,  STOLL, Dieter ,  TEMPLIN, Markus ,  VIRNEKÄS, Bernhard ,  OSTENDORP, Ralf

    IPC: G01N33/00

    CPC classification number: G01N33/54306

    Abstract: A method for determining a first physicochemical property of at least two compounds relative to each other uses a second physicochemical property, whereby determination of said first property depends on a third, undetermined physical property, and said first property depends on the composition of the respective compound. Determination of said second property depends on said third property as well, but said second property does not depend on the composition of the respective compound. For each compound a first value for said first property is measured under certain, preferably equilibrium conditions, and simultaneously a second value for said second physical property under said certain conditions is measured. Said first property for each compound relative to the other compound is determined by using said first and second values.

    Abstract translation: 用于确定至少两种化合物相对于彼此的第一物理化学性质的方法使用第二物理化学性质，其中所述第一性质的测定取决于第三未确定的物理性质，并且所述第一性质取决于各化合物的组成 。 所述第二性质的测定也取决于所述第三性质，但所述第二性质不依赖于各化合物的组成。 对于每种化合物，在某些优选平衡条件下测量所述第一性质的第一值，同时测量在所述某些条件下所述第二物理性质的第二值。 通过使用所述第一和第二值确定每种化合物相对于另一种化合物的所述第一性质。

    VERFAHREN UND KIT ZUR DURCHFÜHRUNG FUNKTIONELLER TESTS AN BIOLOGISCHEN ZELLEN
    5.
    发明申请
    VERFAHREN UND KIT ZUR DURCHFÜHRUNG FUNKTIONELLER TESTS AN BIOLOGISCHEN ZELLEN 审中-公开
    方法和试剂盒，用于对生物细胞的功能测试，以容器阵列是这样的分子固定化

    公开(公告)号：WO2004019039A2

    公开(公告)日：2004-03-04

    申请号：PCT/EP2003/007440

    申请日：2003-07-09

    Applicant: NMI NATURWISSENSCHAFTLICHES UND MEDIZINISCHES INSTITUT AN DER UNIVERSITÄT TÜBINGEN ,  HÄMMERLE, Hugo ,  JOOS, Thomas ,  TEMPLIN, Markus ,  VOLKMER, Hansjürgen ,  RAGNITZ, Kerstin ,  STUMPF, Susanne ,  KUSCHEL, Cornelia

    Inventor： HÄMMERLE, Hugo ,  JOOS, Thomas ,  TEMPLIN, Markus ,  VOLKMER, Hansjürgen ,  RAGNITZ, Kerstin ,  STUMPF, Susanne ,  KUSCHEL, Cornelia

    IPC: G01N33/569

    CPC classification number: G01N33/56966 ,  G01N33/5005 ,  G01N33/54306

    Abstract: Es wird ein Verfahren zur Durchführung funktioneller Tests an Testzellen mit folgenden Schritten beschrieben: a) Bereitstellen eines Arrays aus voneinander getrennten Messpunkten, an denen jeweils Fängermoleküle immobilisiert sind, an die die Testzellen binden können, b) Erstellen einer Mischung aus den Testzellen und aus Referenzpartikeln, die das Vermögen haben, an die Fängermoleküle zu binden, und die von den Testzellen unterscheidbar sind, c) Kontaktieren der Mischung aus Schritt b) mit dem Array, so dass an jedem Messpunkt Testzellen und Referenzpartikel binden können, und d) Bestimmen des Verhältnisses von interessierenden gebundenen Testzellen zu gebundenen Referenzpartikeln für zumindest einige der Messpunkte. Bei einem weiteren Verfahren ist zumindest ein Messpunkt mit seinen zugeordneten Fängermolekülen auf mehrere Messflächen in dem Array aufgeteilt, die an verschiedenen Stellen im Array angeordnet sind. Das Array wird bei einem anderen Verfahren nach dem Kontaktieren mit den Testzellen und ggf. den Referenzpartikeln bewegt.

    Abstract translation: 它被描述，其包括用于对测试细胞进行功能性测试的方法的步骤：a）提供在其捕获分子固定每对可结合测试单元间隔开的测量点的阵列，b）产生从所述测试细胞和出参考颗粒的混合物 具有结合到所述捕获分子的能力，并且其是从测试的细胞区分开，c）中步骤b）的与阵列的混合物接触，使得可以在每个测量点结合测试单元和参考颗粒，和d）确定所述比率 兴趣结合试验细胞的结合的参考颗粒的至少一些测量点。 在另一方法中，对多个测量表面的其相关联的捕获分子的测量点的阵列，其被布置在阵列中的不同位置中的至少划分。 该阵列是在另一种方法中，与测试细胞接触后，如有必要，移动参考颗粒。

    METHOD FOR DETERMINING ANALYTE MOLECULES IN A SAMPLE
    6.
    发明申请
    METHOD FOR DETERMINING ANALYTE MOLECULES IN A SAMPLE 审中-公开
    用于确定样品中分析物分子的方法

    公开(公告)号：WO02084283A3

    公开(公告)日：2003-08-28

    申请号：PCT/EP0203730

    申请日：2002-04-04

    Applicant: NMI UNIV TUEBINGEN ,  TEMPLIN MARKUS ,  JOOS THOMAS ,  LAMPEL STEFAN ,  SCHLUETER VOLKER

    Inventor： TEMPLIN MARKUS ,  JOOS THOMAS ,  LAMPEL STEFAN ,  SCHLUETER VOLKER

    IPC: G01N33/53 ,  G01N33/543 ,  G01N33/68

    CPC classification number: G01N33/6854 ,  G01N33/54306

    Abstract: A method for determining the concentration/amount of analyte molecules in the sample comprises the step of: (a) adding to the sample a known concentration/amount of competitor or analogue molecules of the analyte, said competitor/analogue molecules being distinct from said analyte molecules, (b) reacting/contacting the sample of step (a) with capture molecules for the analyte and competitor molecules, (c) determining a measure for the ratio R of analyte and competitor molecules that are bound to the capture molecules, (d) determining the concentration/amount of the analyte molecules from the ratio R of step (c) and the known concentration/amount of competitor molecules in the sample of step (a).

    Abstract translation: 用于确定样品中分析物分子的浓度/量的方法包括以下步骤：（a）向样品中加入已知浓度/量的分析物的竞争剂或类似物分子，所述竞争剂/类似物分子不同于所述分析物 分子，（b）使步骤（a）的样品与分析物和竞争分子的捕获分子反应/接触，（c）测定与捕获分子结合的分析物和竞争分子的比例R（d ）从步骤（c）的比率R和步骤（a）的样品中已知浓度/竞争分子的量的量确定分析物分子的浓度/量。

    METHOD FOR THE DETECTION AND/OR ENRICHMENT OF ANALYTE PROTEINS AND/OR ANALYTE PEPTIDES FROM A COMPLEX PROTEIN MIXTURE
    8.
    发明申请
    METHOD FOR THE DETECTION AND/OR ENRICHMENT OF ANALYTE PROTEINS AND/OR ANALYTE PEPTIDES FROM A COMPLEX PROTEIN MIXTURE 审中-公开
    检测和/或分析分析蛋白和/或从复合蛋白混合物分析肽的方法

    公开(公告)号：WO2007112927A1

    公开(公告)日：2007-10-11

    申请号：PCT/EP2007/002802

    申请日：2007-03-29

    Applicant: NMI NATURWISSENSCHAFTLICHES UND MEDIZINISCHES INSTITUT AN DER UNIVERSITÄT TÜBINGEN ,  STOLL, Dieter ,  JOOS, Thomas ,  TEMPLIN, Markus ,  POETZ, Oliver

    Inventor： STOLL, Dieter ,  JOOS, Thomas ,  TEMPLIN, Markus ,  POETZ, Oliver

    IPC: G01N33/68 ,  C07K16/00

    CPC classification number: G01N33/6842 ,  C07K16/44

    Abstract: The present invention relates to a method for the detection and/or enrichment of a large number of different analyte proteins and/or analyte peptides from a sample mixture which includes proteins and/or peptides. The method includes the following steps: a) provision of the sample mixture and, where appropriate, fragmentation of the proteins contained therein into defined peptides, b) provision of first binding molecules which are specific for a peptide epitope of at least one of the various analyte proteins and/or analyte peptides, whereby the peptide epitope includes up to a maximum of five, preferably two to three, amino acids, c) incubation of the first binding molecules with the sample mixture, and d) detection and/or enrichment of the analyte proteins and/or analyte peptides bound to the first binding molecules. The invention also relates to binding molecules which are specific for the terminal peptide epitope of various peptide analytes, whereby the terminal peptide epitope includes the free NH 2 group or the free COOH group, one or more than one amino acid defined by the protease specificity, and in each case up to a maximum of three further terminal amino acids.

    Abstract translation: 本发明涉及从包括蛋白质和/或肽的样品混合物中检测和/或富集大量不同分析物蛋白质和/或分析物肽的方法。 该方法包括以下步骤：a）提供样品混合物，并在适当情况下将其中包含的蛋白质碎裂成定义的肽，b）提供对多种抗原中至少一种的肽表位特异的第一结合分子 分析物蛋白质和/或分析物肽，其中所述肽表位包含多达最多五个，优选二至三个氨基酸，c）将第一结合分子与样品混合物孵育，以及d）检测和/或富集 分析物蛋白和/或与第一结合分子结合的分析物肽。 本发明还涉及对各种肽分析物的末端肽表位特异的结合分子，其中末端肽表位包括游离的NH 2基团或游离COOH基团，一个或多于一个氨基 由蛋白酶特异性限定的酸，并且在每种情况下最多达到三个其它末端氨基酸。

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