本发明提供了一种双燃料发动机系统及其控制方法、车辆，该系统包括：发动机；用于向汽缸内喷射柴油的柴油喷油器；后喷汽油喷油器和排气燃烧腔，排气燃烧腔与排气道相连，后喷汽油喷油器用于向排气燃烧腔内喷射汽油；增压器，与排气燃烧腔连通；排气冷却装置，位于排气燃烧腔和增压器之间，以对从排气燃烧腔进入增压器的气体进行冷却；控制器，用于获取发动机水温、油门踏板变化率以及增压器的涡前温度，并根据发动机水温和油门踏板变化率控制汽油喷油器的启停和柴油喷油器的后喷的启停，以及根据增压器的涡前温度控制排气冷却装置的启停。本发明能够提高双燃料发动机的加速性能，并充分利用排气能量，降低加速时的瞬态油耗，从而降低排放。