本发明公开了一种磁浮列车紧急行车方法及系统，当悬浮系统中一个悬浮器、传感器或电磁铁故障后，该点不能正常悬浮，落浮在轨道上，悬浮系统向列车控制装置发生故障信号，列车控制系统控制该点同一悬浮架的同侧点落浮，列车自动进入紧急行车模式，列车限速，放开牵引电流最大限值；若四个及以上悬浮控制点故障或两个电磁铁故障或四个传感器故障，即出现两个及以上悬浮架不能正常工作时，控制列车停车落浮，开启支撑轮系统，采用支撑轮系统行车方式。本发明提高了列车的可靠性，最大限度减少故障带来的不利影响，从而提高车辆运行安全性，从根本上解决了悬浮系统故障工况下列车可用性不高和救援困难的问题。