本发明公开了一种穿越大型活动断层的高速铁路隧道内的轨道变形控制结构，属于高速铁路隧道工程技术领域，其通过优选设置穿越大型活动断层的高速铁路隧道内的仰拱填充层高度，并在轨道板与仰拱填充层之间对应设置支墩、支座和纵梁，组成轨道变形控制结构，使得纵梁、轨道板及钢轨可在地震作用时不完全随着仰拱填充层横向摆动，实现了穿越大型活动断层的高速铁路隧道内轨道结构在地震作用时的安全运行。本发明的轨道变形控制结构，其结构简单，设置成本较低，能有效保证高速铁路隧道内的轨道结构在穿越大型活动断层区段时的正常运行，减少轨道结构在地震作用时的变形，确保了高速铁路隧道运营的安全性和稳定性，具有极好的推广应用价值。