本发明公开了一种基于导航浮标数据反演表层海流的方法，包括以下步骤：步骤一、在观察海域布设导航浮标，搭载海流数据测量系统；步骤二、根据海流数据测量系统收集浮标位置数据进行修正获得其运动参数；步骤三、根据海流数据测量系统收集浮标位置数据建立浮标受力模型；步骤四、通过海流反演算法分析浮标受力模型中浮标受到海流阻力参数；步骤五、将步骤二中浮标运动参数和步骤三中浮标受海流阻力参数进行运算获得观察海域海流流速大小和方向的初始值；步骤六、对步骤五中获得的海流流速大小和方向的初始值进行修正获得最终海流流速数值。本发明通过导航浮标实现对特定海域的海流进行准确测量，改进了传统测量方法的不足。