本发明涉及一种燃料电池系统，其包括：燃料电池单元，包括向负载装置供应电力的第一和第二燃料电池；第一和第二供应系统，分别控制分别供应给第一和第二燃料电池的阴极气体的第一和第二流量；切换装置，能够使燃料电池单元和负载装置在两者电连接的电连接状态与两者电断开的电断开状态之间切换；切换控制单元，配置成当燃料电池单元的要求功率等于或小于阈值时将燃料电池单元和负载装置切换到电断开状态；开路电压获取单元，配置成获取在电断开状态下第一和第二燃料电池的第一和第二开路电压；和供应系统控制单元，配置成通过控制第一和第二供应系统在不同时刻增减第一和第二流量来增减第一和第二开路电压以分别收敛在第一和第二目标范围内。