本发明提供一种燃料电池系统，其具备二次电池、第1燃料电池、第2燃料电池、第1扫气装置、第2扫气装置和控制装置，所述第1扫气装置和所述第2扫气装置能够分别对所述第1燃料电池和所述第2燃料电池进行扫气，所述控制装置在所述第1燃料电池和所述第2燃料电池处于发电停止状态时，执行利用所述二次电池的充电电力驱动所述第1扫气装置对所述第1燃料电池进行扫气的第1扫气处理，在所述第1燃料电池处于发电状态且所述第2燃料电池处于发电停止状态时，执行利用所述第1燃料电池的发电电力驱动所述第2扫气装置对所述第2燃料电池进行扫气的第2扫气处理。