一种燃料电池系统，具备燃料电池单元、取得所述燃料电池单元的第1燃料电池堆的周围的温度的温度取得部、以及发电控制部。所述发电控制部构成为，在对所述燃料电池单元的要求电力低于预定的阈值的情况下，使所述第1燃料电池堆的发电暂时中止，并且以在所述周围的温度为基于所述第1燃料电池堆内的液态水冻结的温度的预定温度以下的情况下，与所述周围的温度比所述预定温度高的情况相比缩短所述第1燃料电池堆的连续的发电中止时间的方式，在所述连续的发电中止时间经过了预定时间时将所述第1燃料电池堆从发电中止切换为发电。