本发明涉及零距离穿越短桩地铁车站的结构体系及施工方法，所述体系的支护结构包括临时型钢支护、暗梁、横向支撑和底板处临时横向短支撑；临时型钢支护顶部的水平型钢与既有地铁车站底板零距离接触，竖向型钢外侧喷射混凝土封闭成环；外侧竖向型钢内侧施做侧墙并在中部设置暗梁，侧墙底部向内施做部分底板，底板内侧设置暗梁；侧墙处的暗梁与内侧竖向型钢之间设置横向支撑，底板处的暗梁与内侧竖向型钢之间设置底板处临时横向短支撑。本发明降低了工程造价，控制了既有结构变形，提高了结构安全度，应用条件灵活，具备较强的适应性和可推广性，还能满足对既有结构保护的苛刻要求，具有较高的经济效益和社会效益。