本发明公开了智慧化沉管运载安装一体船进坞控制方法和控制系统，所述控制方法包括以下步骤：根据一体船外实时水流信息选择所述侧推驱动单元的开启方式，并根据实时水流信息计算抵抗横向水流力所需的侧推功率，作为的抗横流侧推功率Pc，开启所述侧推驱动单元，根据Pc实时控制所述侧推驱动单元工作功率；根据一体船的位置偏差计算纠正该位置偏差所需变化的纠偏侧推功率，在抗横流侧推功率Pc的基础上，根据纠偏侧推功率实时控制调整侧推驱动单元工作功率，至一体船实时位置符合设计要求；一体船继续自航至完成进坞。该控制系统和控制方法能够针对一体船进坞过程实现智慧化、自动化控制，并在进坞过程中对一体船的驱动机构能耗进行实时精确控制。