本发明公开了一种两阶段可变气门升程控制方法及系统，方法包括：标定可变气门升程的切换边界和升程应用区域；根据发动机运行工况参数判断是否满足可变气门升程的切换条件，若满足，发出切换指令至执行模块；执行模块获取切换指令后，根据运行工况参数执行可变气门升程切换步骤，将切换信息发至气路模块；气路模块计算切换过程中每个气缸内的进气流量，并将进气流量传输至喷油模块和点火模块；喷油模块计算切换过程中每个气缸内的喷油量；点火模块计算点火角输出值。本发明提供的控制方法在可变气门升程切换过程中精准控制喷油量、点火正时和点火角，保证发动机扭矩输出平顺性，提升整车驾驶性。